自98年暴亂結束後，印尼華人的地位有所提高，但近年來有關華人話題還是經常在印尼政壇掀起波瀾，其中最著名的一場風波，就是前雅加達華人市長鍾萬學入獄事件。鍾氏本是印尼華人中崛起的政治新星，當時得到佐科和普拉博沃兩大陣營的共同爭取，後來鍾氏選擇與佐科合作，普拉博沃陣營中的伊斯蘭極端分子遂以“褻瀆《古蘭經》”為藉口指控鍾氏，並派出極端分子在其後的法院審理過程中不斷鬧事，最終迫使法院判決鍾萬學罪成入獄。作為鍾萬學的政治盟友，佐科面對宗教極端分子的鬧事行為表現得力不從心。
當然，普拉博沃陣營對鍾萬學的打壓，比起意識形態因素，更多的還是出於政治考量，為的是斬斷佐科的政治臂膀，況且，印尼極端主義思潮的長期發展，也並非普拉博沃一人之責任。
印尼的伊斯蘭化僅有幾百年歷史，並且大多數場合是和平進行的，因而印尼保留了許多自身的傳統文化。但自近代世界市場形成後，印尼就開始受到中東伊斯蘭極端主義傳播之害。早在19世紀初，印尼巴東地區就出現了瓦哈比派分子，鼓吹實行宗教律法統治，並發動“聖戰”。
二戰後，印尼脫離荷蘭殖民統治而獨立，國父蘇加諾有著進步理想，他在印尼提出了“建國五原則”，規定不設立國教，幾大宗教地位平等。但隨著蘇哈托上台，出於強烈的反共意識形態，蘇哈托開始縱容伊斯蘭極端主義發展，以“抗衡共產主義”，並且將華人懷疑為紅色中國的支持者加以迫害。
上行下效，加之外來極端勢力不斷滲入，使得印尼亞齊地區出現了極端分子，並導致了分離主義思潮，印尼軍隊與亞齊分離勢力經年鏖戰，最終作出妥協，允許亞齊實行沙里亞教法，當前亞齊儼然是印尼的“國中之國”，連穿著牛仔褲在亞齊都成了“違法行為”。受到亞齊成功推行宗教律法的鼓舞，印尼其他地方的極端分子也蠢蠢欲動。
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