然而，三星堆的主人究竟為何挖坑，至今考古學家莫衷一是。
器物掩埋的有序性讓人們想到了祭祀。“最底下是小件，中間是青銅容器和面具，最上面是象牙，不像倒垃圾一樣的，而是一個有意的行為。”許傑還提到，人們發現三星堆文物在被掩埋以前經過了擊打和焚燒，但可以證明焚燒沒有在坑裡進行。
而新發現的6個器物坑帶來的證據似乎指向了別的方向。
“現在看，越來越不像祭祀。祭祀怎麼會把神像放進去，還把它打壞？祭祀怎麼會埋這麼多東西？還有如果是祭祀，怎麼會把房子燒了，連建築垃圾也埋進去了？”孫華告訴新華社記者，由於祭祀是經常性的活動，古人一般不太會埋太多的東西，宰一頭羊、一頭豬已經是很大的祭祀活動了。但三星堆的坑很不一樣，珍貴的黃金器物、象牙、玉器，被一股腦兒埋進去，數量龐大。
“如果三星堆器物坑是祭祀坑的話，三星堆人這一次祭祀就耗費了整個族群和國家所掌握的青銅資源，使他們以後不再能夠使用青銅材質的器物從事祭祀活動，而這種可能性是很難令人信服的。”孫華在此前發表的一篇論文裡這樣寫道。
孫華期待，本次發掘工作能夠在這一問題上帶來關鍵線索，主要是能夠用來確定坑的年代的證據。他表示，如果幾個坑屬於同一年代，那麼它們就是重大事件的產物，比如遷都、動亂；反之則會支持祭祀說，因為祭祀是連續、重複的過程。
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