但是，太平洋總部和戰略司令部不一樣。太平洋總部的內部機構更加多樣，除了以上兩種機構設置之外，還有二級聯合作戰司令部以及常設聯合特險司令部。戰略司令部裡面沒有軍種組織司令部，它是按照核、太空和網絡等不同領域設立機構。還有不同的方面就是聯合參謀部的機構設置也不一樣。聯合參謀部基本上與參聯會聯合參謀部保持一致，按照人事、情報、作戰、後勤計劃等職能編組。其中，南方總部和非洲總部比較特殊，由於受到作戰任務和編制員額等因素的影響，參謀機構沒有單獨的作戰部門，沒有單獨的後勤部門。從這些方面可以看出，美軍根據不同的戰略任務，不同的戰場環境，使用多種方式來調配聯合作戰司令部的內部結構，形成各具特色的聯合作戰指揮機構。
第三，聯合作戰司令部的改革應該堅持依法行事，避免主觀隨意性。美軍聯合作戰司令部成立至今，主要遵循三類法律法規，用以確保它的組建、調整與運轉。
第一個是美國法典，美國法典試編第161款規定，參聯會主席至少每隔一年評估一次聯合司令部計劃，並通過國防部長向總統呈報修改意見。第二個是國防部改組法
和戈德華特尼克爾斯國防部改組法等軍事法律，對高層領導機關的職權和相互關係予以明確，界定了聯合作戰司令部在指揮鏈中的位置和作用。第三個是聯合司令部計劃和聯合作戰綱要等法規條令，他們規定了聯合作戰司令部的職責、任務、結構和責任區等等。由此可以看出，制定法律法規是聯合作戰司令部改革的前提和基礎，聯合作戰司令部的組建、調整與運轉都要有相應的法理依據。
第四，聯合作戰司令部需要不斷調整。隨著國際戰略形勢和軍事技術的變化，美軍南方總部、中央總部、北方總部和非洲總部的成立，多與核戰略形勢的重大變化有關。
為了應對中南美洲的戰略形勢變化，保持美國後院的穩定，美軍1963年成立了南方總部。為了遏制蘇聯在中東地區的擴張，1983年美軍成立了中央總部。為了加強本土的安全防衛，2002年美軍成立了北方總部。為了打擊恐怖勢力在非洲大陸的蔓延，2007年美軍成立了非洲總部。在應用軍事技術的突破方面，戰略司令部的改革也是一個典型的例子。美軍最初組建的戰略司令部主要負責指揮戰略和力量，隨著太空、網絡和遠程打擊技術的發展與應用，該司令部擴大了機構設置和職能範圍。這一點可以看出，美軍聯合作戰司令部的改革要跟上形勢的變化和科技的發展，從而滿足作戰指揮的新要求。 |
