日菲兩國不斷加強戰略夥伴關系的原因，都起始於兩國都曾公開表達過的對中國在南海日益強硬行為的擔憂。中國在擁有主權的南沙群島，吹填造島修建用於民用設施，強化捍衛南沙群島的主權行為，顯然讓已經霸占了南沙群島8個島礁的菲律賓提心吊膽。日本因為國有化中國釣魚島，引發中日關系緊張，因而妄想在南海地區加大軍事活動，增加遏制中國的砝碼。
菲律賓總統貝尼尼奧•阿基諾三世和日本首相安倍晉三已經完成了兩國互訪，雙方誓稱要強化雙邊防衛合作。這些舉動也引發了一些會談，就簽署安全協議、允許日本軍事力量在菲律賓與菲軍展開更大規模演練的可能性進行探討。菲律賓已經與美國和澳大利亞簽署了此類來訪部隊協議。
菲律賓防長加斯明說，日本已與美國和澳大利亞簽署了類似條約，但菲律賓是首個與日本簽署此類防衛協議的東南亞國家。
對不斷增強的日菲夥伴關系而言，近期最重要的進展就包括菲律賓租借日本飛機活動。據路透社和亞洲新聞台報道，菲律賓總統貝尼尼奧•阿基諾三世在2016年3月宣布，菲律賓很快就會使用日本飛機對該國在南海主張的海域進行巡邏。
談到南海的南沙群島時，阿基諾三世告訴新聞記者說：“我們從日本租借了5架TC-90教練機，用以協助海軍對我國領域，特別是西菲律賓海域(中國南海)進行巡邏。”據路透社報道，阿基諾三世是在馬尼拉附近的一個空軍基地宣布這一消息的。
據日本《讀賣新聞》報道，菲律賓海軍當前的空中巡邏機因航程較短而受到限制。該報稱，相較之下，日本的TC-90飛機可提供多至兩倍的航程，巡邏區域可覆蓋南沙群島大部分地區。
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