讓人特別憤慨的是，日本在中國大陸侵占領土還是打著建立偽滿、偽蒙和汪偽等傀儡政權的幌子，可在南海方向卻創造了戰時唯一公開將中國領土並吞入本國的例子，即1939年3月正式宣布將南海諸島稱為所謂“新南群島”，交由台灣總督府管轄。太平洋戰爭爆發後，日本侵占新加坡並稱之為“昭南市”(即“昭和南進”之意)，南海中的較大島嶼又成為執行中轉任務的海空基地，直至1945年戰敗時那裡的侵略軍才撤走。
二次大戰結束後，美國出於扶植日本作為其“反共防波堤”的戰略意圖，對日本侵略罪行非但未認真清算反而多方姑息。1951年9月，美國單方面主持達成的對日“舊金山和約”宣布免除日本賠償責任，同時根據不能讓中國得到“一寸領土”的要求來處理過去的侵占地。戰敗的日本在經濟上大占便宜，簽署的和約中對台灣、南海群島又使用“放棄”這種模糊表述而不承認將其歸還中國，這又種下了支持“台獨”和引發釣魚島、南海群島糾紛的種子。
戰後日本當局不僅長期不正視歷史、不承認侵略罪行(直至1995年村山富市首相才使用了“侵略”一詞)，而且還伺機卷土重來，日美軍事同盟則庇護了這種重溫舊夢的行徑。日本在經濟恢復並得到大發展後，又於上世紀50年代確立“東南亞經濟合作”方針，以向那裡的美國盟國提供少得可憐的象徵性“賠償”和一些“發展援助”作為誘惑，換取對方市場開放並建立密切政治關係。上世紀70年代以後，日本公然將通過南海至馬六甲海峽的通路稱為“海上生命線”，並在1981年後將海上自衛隊護航任務延伸到南海的入口——巴士海峽。只是由於當時美日軍事同盟的重點是在北面防範蘇聯，日方對南海爭端還未公開介入。
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