《國統綱領》為兩岸的交流、交往設定了三個階段的進程：近程，互惠交流階段；中程，互信合作階段；遠程，協商統一階段。
蘇進強指出，現在兩岸的交流仍停留在“交流互惠”的近程階段。“當時北京之所以沒有對《國統綱領》持有一個比較正面的態度，正是因為那時兩岸之間仍缺乏互信。李登輝在1999年發表‘特殊的國與國關係’，同樣是沒有互信的表現。”
“假如李登輝時代的《國統綱領》能夠延續到現在，兩岸已經進入中程階段了，兩岸和平發展也會得到更好地發展，”蘇進強說到，“我同大陸的許多智庫專家，甚至在職的官員談論《國統綱領》時，他們大都表示願樂觀其成，《國統綱領》如果恢復，兩岸的政治互信就可以累積。”
恢復適用《國統綱領》就在馬英九的一念之間
台灣“國防部”網站刊載台灣國防大學海軍指揮參謀學院研究教官吳國中中校文章，對兩岸建立軍事互信的過程進行了一番梳理：李登輝總統執政時期，1991年台灣單邊宣布終止兩岸敵對關係，並依《國統綱領》達成統一的三階段聲明。1995年4月台灣“國統會”提出兩岸建立交流與互信機制之聲明；1997年台灣“中華搜救協會”與大陸海上搜救中心設立非軍事熱線，執行台灣海峽海上救援。1998年4月“行政院前副院長”蕭萬長曾公開表示，為避免因誤判引發戰爭，兩岸應交換軍演資訊，建立軍事互信機制。
陳水扁亦曾表示，為避免因彼此隔閡導致對軍事資訊誤解與誤判，兩岸有必要建立軍事互信機制。在2002年台灣“國防”報告書中，呼籲兩岸在不拘形式、不預設立場、相互尊重情形下，建立軍事互信機制。2004年的“國防”報告書中，軍事互信機制的建議，亦延續2002年“國防”報告書的精神。大陸為回應台灣呼籲，曾在2004年5月17日發表《五一七聲明》，以及2005年3月的“胡四點”，均聲稱在“一個中國”原則與摒棄台獨主張下，兩岸可結束敵對狀態，建立軍事互信機制。但因陳水扁提出“一邊一國”與“公投入憲”等議題，兩岸緊張情勢再度升高，兩岸軍事互信機制的建議僅淪為紙上談兵。
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