在外在的形勢壓力下，台灣官方可能會做出相應的調整。但鄭端耀認為，要想讓官方真正地做出改變，就目前而言，應當先解決幾個問題。首先，要改變認識，尤其在兩岸定位問題上。兩岸究竟要定位為親如一家、同一個屋簷下的親兄弟？還是已經分家的兄弟？如果，定位為一家子的兄弟，那對於中華民族祖先留下的共同海權，就應該共同享有、共同利用、共同開發和維護。並且，當外界對兩岸共同擁有的海權形成挑戰的時候，雙方應該聯手合作。
反之，如果兩岸仍然有隔閡和顧忌，且分開處理有關中華民族祖先留下的共同財產，甚至認為在國際上不方便共同合作。這種情況，就會讓雙方關係變得更加變扭。其次，由於台灣是一個民主地區，應該讓台灣的民眾認知到，兩岸關係和對外關係二者哪個更重要。如果，兩岸關係比較重要，就應該把共同的利益和權利高於對外關係。
鄭端耀說，在處理好以上的定位和認識問題後，台灣還要有前瞻的心態，勇敢地區面對海洋問題。在不影響和美日關係的維持情況下，和大陸在這個問題上進行初步的溝通互動，從而共同合作發展。
鄭端耀指出，目前兩岸在海洋戰略合作問題上還處於起步階段。要想真正達成兩岸海洋戰略合作目標，建立一個基本的認知和共識顯得非常重要。兩岸的學者可以公開倡議，呼籲大家共同認識、重視這個問題。同時，建立公開論壇，逐步彙聚各方面的意見，嘗試形成一些共識。兩岸可以逐漸地從低階邁向高階，從一些海洋技術上方面的合作到高階敏感的海權、戰略合作等。
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