1988年，陳映真成立“中國統一聯盟”並擔任首屆主席。兩年後，他帶領“中國統一聯盟”首次踏上大陸的土地。
“中國統一聯盟”成立伊始就表明要促進民族內部的團結與和平，建設民主統一的國家。“中國統一聯盟”成員來自各行各業，但他們都認為海峽兩岸都是中國人，兩岸同屬於一個中國，堅決反對“台獨”、反對分裂。正是由於旗幟鮮明地主張“兩岸統一”，“中國統一聯盟”在很長時間內，特別是在李登輝掌權的十餘年間，成為台灣島內立場最為堅定的“反獨促統”的政治團體之一。
台灣東海大學社會系教授趙剛認為，陳映真的“台灣史觀點”可表述為：台灣的歷史（尤其是近當代史）是中國歷史的一有機部分，但同時，或因此，也是一獨特部分。
1990年後，陳映真經常進出中國大陸並久居北京。2010年，中國作家協會決定吸收陳映真為會員，並聘請他為中國作協第七屆全國委員會名譽副主席。陳映真得知消息後提筆寫道，“我為自己是生於台灣的一個中國人而驕傲。”
2006年，陳映真在北京第一次中風。考慮到陳映真身體欠佳，陳映真夫人陳麗娜一直未同意丈夫回台灣。2016年11月22日，79歲的陳映真在北京病逝。 |
