陳水扁當年為了維護“派系平衡”，輪流讓張俊雄、游錫堃、謝長廷、蘇貞昌等大老主持“行政院”，延攬各派系人馬入閣。有些政務官明明能力不怎麼樣，全靠派系在後面支撐。為了遷就“天王都要擔任過“閣揆”，導致“行政院”如走馬燈，很多政務官位子沒坐熱就要換人，為一大敗筆。
民進黨政權雖不能說是被派系拖垮，但陳水扁當時包括人事、兩岸政策都要遷就派系，種下敗相。特別是在兩岸政策上搖搖擺擺，一下走新中間路線，一下子又跟獨派綁在一起，政治誠信盡失。後來，扁硬把謝長廷、蘇貞昌兩個死對頭湊在一起選2008，也是派系平衡的產物。
民進黨在野之後，派系非但沒有式微，反而更凝聚，謝系、蘇系鬥得更兇，眾人接受蔡英文擔任主席是不得已的妥協，也可以說是派系之間的“恐怖平衡”。
這次五都選舉提名，更可以看到民進黨的派系傾軋。綠營支持者對世代交替的渴望攤在眼前，但為什麼謝長廷、游錫堃還是要披戰袍，甚至黨內還出現要“勸進謝長廷”的講法，說穿了就是派系。蔡英文自己都被派系所牽制，否則沒有道理大台南、大高雄辦初選，用民調決定候選人，北中3都就必須採徵召方式，增加困擾。
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