第三，與內地私營和公營機構加強合作，進行科技轉移、產業化。李行偉表示，內地的地方政府和企業都願意跟我們合作。比如佛山政府最近投資2800萬與科大合作成立LED研究中心；企業方面，“華為”和“微軟”也與科大有研究合作計劃，其中科大與華為共同營運聯合實驗室，探索尖端的電訊網絡、無線電技術及其他相關新興技術。
此外，出於對珠三角地區的重視，科大早在2001年就成立了深圳研究院，以期在當地高科技發展藍圖中扮演更重要的角色。
2006年成立的“廣州市香港科大霍英東研究院”，是科大參與內地研究計劃及與內地其他大學和企業合作的重要平台。此前，科大已進駐南沙4年，並於2002年與廣州市政府、霍英東基金會合作創辦了南沙信息科技園。自成立以來，該學院已取得50個科研項目，包括國家重點項目863、973計劃、國家自然科學基金項目，及中國科技部批准的國家級關鍵項目。
“與內地大學及機構加強學術及科研合作，是科大的主要任務之一，也是科大的長遠發展策略。”李行偉深信，科大對內地科研教育仍可做出更大貢獻（We have a lot to contribute!）。
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