一、加強兩岸學界在南海科考、資源調查等領域的合作
兩岸在已有的合作基礎上，可進一步加強相關領域的合作。比如，大陸最先進的新一代海洋科學綜合考察船“科學號”已經下水作業，重點研究工作是進行東海和南海，尤其是南海深水區域的科學考查研究。兩岸科學家可加強合作，利用這一先進的科考船舶平台，邀請台灣科研人員上船工作，開展深層次的科研合作，進行南海深水區資源調查、海洋環流、氣候變化等領域的研究工作，提升兩岸在海洋綜合研究領域的科研實力。
二、進行兩岸南海作業漁民救助合作
雖然南海問題的核心是南沙海域島礁主權與海域劃界爭端，但近年來南海問題屢屢以漁業糾紛為主要形式而出現。特別是黃岩島事件中，菲律賓出動軍艦襲擾正常作業的海南漁民，導致事態升級，造成惡劣影響。
兩岸可以開展南海漁民救助領域的合作。2009年9月，福建省和台灣的相關部門簽署了《海峽兩岸海洋與漁業學術交流與合作意向書》。雙方同意在台灣海峽漁業養護與管理，由此邁出了兩岸漁業合作的第一步。兩岸只需考慮是否將上述協議和共識擴展運用到南海，建立兩岸南海漁業合作機制，進而開展兩岸漁民救助合作是兩岸漁業合作的必然結果。兩岸開展漁民救助合作具有良好基礎，大陸進駐的南沙美濟礁地理位置位於南沙南部，其漁業設施可為遠航南沙捕魚作業的台灣漁民提供方便。此外，兩岸還可考慮在太平島、西沙群島、東沙島設立漁民救助機制，利用這些島嶼在地理上分布較為均勻的優勢，為兩岸漁民提供及時、方便的救助。
三、加強兩岸學界在南海生態環保、生物多樣性調查以及南海水下考古等領域的合作。
南海海洋環境面臨惡化的趨勢，海洋生態資源不同程度地存在退化，人類活動比如海洋油氣開發活動對環境的影響日益顯著。菲律賓、印尼、馬來西亞和越南等國紛紛在南海設立“海洋公園”或“海洋保護區”，台灣方面也設立了“東沙環礁公園”，並提出在南沙太平島設立“海洋公園”的構想。兩岸可在這一領域開展合作。此舉不僅有利於南沙生態平衡和生物多樣性，也有利於調查海上油氣開發活動對南沙生物多樣性的影響，通過環境保護宣示主權和維護海洋權益。為了加強兩岸環境監測、生態科考、水下考古、生態旅遊等領域的合作，結合豪華游輪、一程多站，可考慮將三亞、高雄、東沙島、永興島納入行程。
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