他說，1993年8月的十四全會，李登輝的本土派已深根穩固，為擺平非主流的政爭，通過提名李元簇、郝柏村、林洋港、連戰4人為黨副主席，後來林、郝仍告分裂被逐出國民黨，1995年8月第十四次二中全會提名李登輝與連戰與林、郝相爭1996年的正副“總統”。
他表示，1999年宋楚瑜因凍省出走，與連戰、民進黨陳水扁相爭2000年正副“總統”大選，雖然鬥爭場合已不在全代會裡，但鬧得轟轟烈烈，全台滿城風雨，所以現在馬王之間的問題，根本算不上政爭。
邵銘煌指出，國民黨在大陸召開的全代會，派系鬥爭也很激烈，後來大多是因為戰亂才暫時合作，1929年3月在南京第三次全代會，當時國民黨是執政黨，黨內3大派系，江精衛的改組派；廣東省中央委員為主體的粵派，例如孫科、胡漢民等人；還有蔣中正為主的中央委員主流派。
當時蔣完成北伐統一，聲勢如日中天，不過蔣雖任國民政府主席，在黨內也只是中央常務委員而已；三股勢力明爭暗鬥，互相較勁爭黨內領導權，直到1931年九一八事變爆發後，大家才因為國難當前被迫合作，這段期間孫科、江精衛都當過“行政院長”。
他說，從1925年孫中山逝世到1938年，國民黨都實行集體領導，直到1939年3月在武昌開臨時全代會，因應戰時統籌指揮，黨內重回黨魁制，蔣中正任總裁掌權，最重要的是通過抗戰建國綱領及成立三民主義青年團號召青年加入抗日，前者成了最重要的基本國策，後者卻衍生出黨內次團勢力與黨中央對立情況嚴重，所以抗戰後蔣中正取消青年團，團員整併到黨內。
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