民進黨主張排除項目：
一、 刪除新設示範區之相關規定，以杜圈地、土地炒作、防止破壞國土、環保等規範，及刪除築堤填海造陸規定。
二、 刪除投資獎勵之租稅優惠、刪除內銷10%免徵營所稅之規定、刪除外籍、中國之專業來台工作前三年薪資或執行業務所得減半課稅（僅保留示範事業聘僱之外籍專業人士，屬國內現階段欠缺且亟需之人力，在“中華民國”境內無戶籍，於一課稅年度居留合計滿183天且經稽徵機關認定其生活及經濟重心與“中華民國”關聯度相對較低者，不適用所得基本稅額條例第十二條第一項第一款規定。），並刪除中國專業人士準用之規定。
三、 刪除開放國際醫療機構、教育服務業、專業服務業（會計師、律師、建築師）規定，應循另修相關專法解決。
四、刪除偷渡黑箱貨貿—刪除“行政院”版准予示範區輸入現行禁止進口之農、工產品。
五、 刪除偷渡黑箱服貿、黑箱開放—明定示範區內中資來台投資之限制、得投資之業別項目、限額及投資比率等，應與示範區外一致。“中華民國”102年11月14日“經濟部”令（經審字第10204606270號）發布修正大陸地區人民來台投資許可辦法第八條條文之修正，應即撤銷之。
六、 農業加值必須優先使用國內農產品。
七、新增第72條之1 本條例所定各項辦法擬定時，均應適用行政程序法第一百五十四條所定預告程序。但不適用行政程序法第一百五十四條所定除情況急迫，顯然無法事先公告周知者之除外規定。
政策會副執行長黃重諺受訪指出，“行政院”版最大的問題就是，一、看不到總體經濟發展的方向是什麼？台灣現在經濟最大的問題不再開放的程度（已經很高），而是總體經濟發展怎麼透過轉型、升級獲得新的動能，但是，我們看不到馬政府有這個層面的規劃。
他強調，民進黨要求平衡參與國際經貿整合和社會衝擊，必須有整體評估和平衡的政策規劃，而且，要求必須提出整體產業發展綱領和策略。二、解決政出多門和空白授權問題，“政院”版把申設單位直接當作主管單位，會出現事權不一、政出多門的亂象，因此，我們把主管機關名列為國發會。三、假自經區之名，開後門讓管制進口的中國農產品進口或片面解除相關管制規定的條文予以刪除。 |
