據瞭解，與中國漁船“閩晉漁5179”發生碰撞的日本巡邏船雖然不是軍艦，但它是隸屬日本海上保安廳的武裝船隻，類似於美國的海上警衛隊。而中方船隻僅是身長37米的一條小漁船。據日本媒體報道，最初與中國漁船碰撞的日本“與那國”號巡邏船全長89米，總噸位達1349噸，甲板還可以起降直升機。在這種情況下，中國漁船主動撞擊日本巡邏船無異於以卵擊石，可能性極小。而且中國漁民屬於正常作業，而日本巡邏船不管出於什麼目的，與漁民的小船相撞都不應該。
不少報道中日釣魚島撞船的媒體注意到，曾一度在中日之間相對平靜的釣魚島問題近年來在日本有突然增溫之勢。由於中國海軍東海作戰能力大幅提升，日本為加強對釣魚島的控制，進行島嶼登記“國有化”，還與美國計劃今年底在釣魚島附近海域舉行代號為“奪島”的軍演。目的就主要是阻遏中國收回釣魚島。此次釣魚島撞船風波，有一種說法即認為極有可能是日本海上保安廳巡邏艦有意為之，“想教訓一下中國漁民，讓他們以後不要再來”。
釣魚島撞船事件發展至今，中日兩國都表現出強硬態度。中國外交部在第一時間表示嚴重關切，要求日本“放人放船”，日本則提出“認錯交錢”，雖然雙方難有妥協，但實際上，兩國都不希望因一個小小釣魚島來攪亂和平相處大局。由於中國決不放棄釣魚島主權，因此，近30年來日本巡邏船和兩岸漁船以及保釣船隻雖經常激烈對峙，並引發媒體民意高調跟進，從來雷聲大雨點小。這說明，在主權問題上，無論中日都不能示弱，但是在實際處理中，雙方都心照不宣，不可激烈對抗，乃至擦槍走火。
更何況，日本為這次事件也將付出沉重代價。綜合中國國內輿論，中國公民可能會採取抵制日貨、拒赴日本旅遊、揭露批判抗議日本等行為，使日本在道義上經濟上失分，顯然遠遠高於日本從這次撞擊事件中所得到的區區罰款。尤其是，中日兩國實力對比，已非往日所能比，加之日本要重振萎靡經濟，亟需中國輸血打氣。在日前的第三次中日經濟高層對話中，中日兩國達成的重要共識就是經濟合作，可見現在的日本經濟開始依賴中國。
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