在南台灣的兩岸發展趨勢中，ECFA無疑是一個重點。黃清賢指出，ECFA的經濟效應將決定與南部蜜月期的長短；國民黨若不能藉由ECFA的催化作用，帶動傳產轉型升級，將難挽頹勢。
黃清賢表示，ECFA的早收清單中，有很大一部分是刻意針對台灣南部的；現在有兩個指標可以觀察：其一，需要多少時間才能展現其經濟效益？其二，ECFA效應是否擴散？還是僅止於少數人得利？如果看不到兩大觀察指標朝正面發展，那麼ECFA的蜜月期在南部很快就會結束。
他說，ECFA的實施應該要去考慮與評估，到底是哪些人獲利？得利者對整個氛圍有沒有影響力？要讓ECFA繼續展現經濟正面效益，現有的早收清單只是一小部分、一個起步，後續第2次、第3次的談判，還要篩選出重要的產業，繼續納入降低關稅的項目中。
現在，南部經濟還沒有看到因為ECFA改變，生活變好與ECFA之間，並沒有相互依賴的關係存在。在綠營的操作下，南部反對ECFA的理由主要有四：
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