第三、印尼和中國在草擬《南海行為守則》時出現意見分歧。中國要求參與整個草擬過程，而印尼則認為，東盟應在得到共同立場後，才讓中國加入談判。
第四、和中國不同，印尼並不抗拒美國等國家加入南海問題地區論壇。印尼政府認為，有外國的參與才能維持論壇的平衡，避免任何單一國家（中國）太霸道。
最後，雖然印尼聲稱自己不涉及南海主權，但她其實也承認印尼的部分利益可能和中國產生衝突。
儘管印尼和中國於2005年達成雙邊戰略夥伴關係協議，但其實政府一直對北京的野心感到憂慮。印尼政府擔心中國對納土納群島的企圖，因為納土納群島擁有世上其中一塊最大的天然氣田——東納土納油氣田。
中國政府沒就其“歷史固有水域”和納土納群島重疊作出任何表態。不過，印尼似乎決心要宣示對納土納群島的擁有權。2010年12月，印尼國營石油氣公司Pertamina就落實和其他公司於2021年共同開發東納土納油氣田。
隨著國內需求增加，印尼同時亦在專屬經濟區以外的地區尋求石油供應。例如，在2002年1月，印尼國營石油氣公司和其他公司聯合開採南昆山盆地的油氣田，而南昆山盆地就正正位於中國的主權領土上。在2001年3月，印尼又表示將開發越南附近的其他油氣田。有見及此，中國的中海油公司最近也為共同開採該油氣田作公開招標。
除了能源之外，南海海上航道也對印尼的貿易非常重要。此外，納土納群島的豐富漁獲對促進印尼經濟十分關鍵。
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