邱進益還舉了另一樁例子，指陳水扁2000年上任後宣布“四不一沒有”，沒有廢除國統會和國統綱領的問題，結果後來廢除了國統會和國統綱領。邱進益質疑：“這不也是搬石頭砸自己的腳？逼得中國大陸通過‘反國家分裂法’，讓中國大陸對台動武有了法律依據。動武，在某些狀況下是沒有正當性的，這麼一來，中國大陸有了更多的正當性，而且是國內法，大陸老百姓就算同情台灣，也只能支持動武，民進黨還硬是倒果為因，罵中國大陸，真是愚蠢到了極點！”
雖然邱進益認為國統綱領是保障台灣安全的安全閥，但他也說，現階段實務而言，已經正在做了，也就沒有恢復國統會和國統綱領的實質意義了。他解釋：“目前大陸的政策是防獨勝於促統，如果恢復國統會，當然對大陸是善意的回應，但是台灣內部能否凝聚共識，也是問題。此外，目前兩岸所做的大概也已經走到了國統綱領的中程階段，像建立對等機構、直航三通、商定ECFA架構等等，接下來的遠程階段，就是統一了。”
邱進益也透露，他曾幾度向馬英九建議，在“總統府”設置“兩岸和平關係發展委員會”來替代國統會的功能，但沒有成局。他說：“因為馬英九認為如果是法律性的組織，那等於凌駕於‘陸委會’之上；如果只是功能性的臨時任務編組，意義也不大，所以也就沒有成立。”話語中帶著惋惜，但邱進益呼籲馬英九團隊：“兩岸問題的終極解決，台灣內部共識的建立，一定要有民進黨的參與。”
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