在“台北會談”的平台上，兩岸與會者思想的交鋒，充分體現出求同存異的精神。雖然與會者的意見各有不同，但都能求兩岸的“大同”，即為兩岸關係和平發展著想，為兩岸人民利益考量，提出建設性的意見和建議。當然與會者對“異”的部分也都公開、坦誠地提出來，有些意見也進行了堅持和保留。總體而言，紅、藍兩邊，因為過去雙方通過多次會議的場合（如國共論壇），彼此的看法相對較為接近，但雙方在政治議題上還是存在歧見；而在本次會議上，紅、綠兩邊從一開始就有交鋒。陳明通以講故事的方式，凸顯台灣與大陸的差異；吳釗燮更是在陳述民進黨的政策，援引島內民調對兩岸“統獨”表達意見，這也在一定程度上凸顯了民進黨兩岸關係論述的不足。而藍、綠雙方在兩岸關係論述上顯然也具有較大差距，不是短期內可以達成一致的。
由上可見，兩岸透過“台北會談”的思想激蕩和交鋒，將彼此間“異”的部分更加明顯地擺到台面上，一方面有助於相互之間的了解，清楚地認知彼此的觀點和意見；另一方面也提出了新的課題，即兩岸在未來如何進一步增進和鞏固彼此“同”的部分，如何化解雙方“異”的部分，這對兩岸實現可持續和平發展而言無疑更具有重要而深遠的意義。兩岸“求同存異”必然要向“聚同化異”的方向前進，這符合兩岸關係發展的客觀規律，也是兩岸進一步深化交流合作的現實要求。對於兩岸聚同化異，筆者提出以下幾點建議：
第一，兩岸要在未來兩岸關係發展進程中，透過不斷深入的溝通，進一步加強彼此之間的了解與認識。“台北會談”為兩岸深入溝通提供了很好的平台，也為雙方深化交流創造了很好的模式。兩岸完全可以以此為契機，在“台北會談”奠定的基礎上，進一步建立和完善溝通協調機制，通過各種方式和渠道，加強兩岸的聯繫。包括兩岸智庫、學術界的交流，也可包括兩岸基層的廣泛交流。在交流中更為清楚、透徹地認知彼此間的同和異，達到知己知彼。
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