對於兩岸互設辦事處所面臨的挑戰，恐怕還是在於政治上的爭議，包括兩個官方政府、名稱與頭銜職稱、兩岸間各自享有治權問題及面臨衝突時的解決機制及對於對等問題的處理；對於辦事處的功能、定位、職權及危機處理機制和規模大小等，如何在兼顧兩岸各自堅持原則下，能夠有智慧地、個案式的妥善處理，將考驗兩岸當局的智慧，也暴露出民眾（五台與五陸）是否有感覺？這需要時間及不斷地檢證、修正、反省再修正的過程。
此外，台灣內部的反對聲浪，在野陣營攻訐及擔心黑箱作業的指控，“立院”朝野政治勢力的角力以及台灣民眾透過各項民調所反映出的觀感，都會左右兩岸互設辦事處的時間進程與順利與否。另外，對於互設辦事處的兩岸溝通、對民眾進行說明也會影響互設辦事處的進展。
對於辦事處與其他機構與團體間的協調及任務分工，關於既有單位之功能，如何藉由新設的辦事處來加以整合其服務能量，以發揮其功能亦將是一項繁複的工程；尚有許多子虛烏有的批評及擔心，例如替大選不在籍投票量身訂作的污衊以及各種意識形態的不當揣測等。
總之，一個以服務為導向的辦事處，卻被外界賦予高度的政治意涵；其所面臨到的壓力有時間亦有空間，還必須顧及國際力量的觀點，使得原本對兩岸五台及五陸有利的措施，增加了挑戰及困難性；但無論如何，只要堅定正確方向、站穩腳步，就無須畏懼惡意批評及攻擊；但必須是在政策說清楚、程序正當、內容正義的服務理念基礎上，民眾才能真正的有感。
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