然而，較具綱領性且爭議性大的部分，諸如九二共識是否應當列入《兩岸人民關係條例》？兩岸各種交流平台及委員會設置是否應列於該法中？一國兩區的法律定位雖然清楚，但仍有灰色空間，是否需要更清楚的表明？《兩岸人民關係條例》是否更應該與“憲法”有更緊密關係？特別在主權與治權論述上，這每一項，在台灣都是朝野攻防的重點，朝野能否更心平氣和理性思考？恐怕不宜樂觀看待，畢竟民進黨能否多些理性務實派，將決定結果的發展。
對於《兩岸人民關係條例》這九十六條之條文，雖然條文並不算多，但涉及的範圍卻相當廣，連動的相關法律不可謂之不多，要深入研究也非一時半刻，需要逐步修正調整。《兩岸人民關係條例》其實是一部值得深究的法律，但往往重要性在台灣各大法政系所中並未得到應有的重視；其研究成果與其他法律相比，數量亦明顯不足。
對於《兩岸人民關係條例》，首先，與台灣現行法律接軌及符合人權要求是非常必要的。例如第二十二條中國大陸地區人民來台就學的“停留”（transfer）一詞將改為“居留”（resident），以符合台灣現行《全民健康保險法》第九條“在台居留滿六個月以上”之保險對象適用條例，使最快2013年初在台求學之中國大陸學生可納入健保，享有台灣地區醫療資源，這完全基於人道關懷和人權重視考慮所為之考量，對於人性尊嚴的基本價值尊重。這樣使陸生更有動機來台，解決台灣高校及提升整體競爭力，況且陸生亦要自付多數保費，也可帶動台灣保險業者的商機，以活絡經濟發展。
其次，針對大陸一般性廣告，不含有政治性及違法之廣告，對於《兩岸人民關係條例》亦應該予以一併修正，將不必要限制拿掉，使後續ECFA能夠更加正常化及順利化；對於 逐步對陸資鬆綁，允許大陸的金融業、服務業來台，馬政府要漸次有效開放，在不影響台灣現行制度及民眾權利及有效管理下，逐步開放，既加深交流又提供更便利的服務。當然，適度的管理及監督是必要的，但不能因為要管理就乾脆全面管制，這不符合比例原則。
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