再者從行政與立法間的關係來探討，學生版認為行政與立法權一起參與協商顯然違背權力分立的精神，必且要先經過“立法院”同意後才能協商，顯然突顯立法優於行政，那麼乾脆由“立法院”提案即可，由“立院”代表去與大陸談，此謬論豈有可能？反觀“政院”版仍秉持一般正常情況由行政機關以專業負責態度對外談判，而“立院”若遇修法部分則須進行監督，其它則備查即可；既將行政立法分工負責，並且合乎國際慣例一般正常情況，立法機關也能充分參與，在權力分立原則的指導下進行分工合作。
另就對於談判的影響來說，學生版第六條規定協商九十天前先提締結計劃，這非但不符合一般國家及地區正常狀態，極有可能造底牌先露、談判籌碼喪失情況；而“政院”版情況則是對於業務溝通中具有重大進展或階段型成果，應說明之，如此方可盡最大可能避免對方摸清底牌，也是一般比較常見的作法。
學生版的條例都是十分另類，既不按照國際通用情況，也完全無視與現行法規接軌，任憑只要我喜歡有什麼不可以，完全忽略此事可能帶來的後果及副作用，就如學生版對於簽署協議時效的影響，完成協商後由協定機關在協定簽署前180天，完全忽略現實迫切性需要，倘若不急迫甚至可以不簽或延簽；反觀“政院”版第十二條即規定協議統籌辦理機關報請“行政院”同意始可簽署，合於一般國家外交締約的情況。
更荒唐的是，學生版對於有無溯及既往在二十一條中規定該條例未生效前，未依學生規範所簽之任何協定不生國內法的效力，也就是不管是ECFA及兩岸間二十一項協議及台灣所簽之FTA全部在台灣都不生效力，實在太過離譜。
筆者必須點出幾個更嚴肅的問題。其一學生版完全忽略雙方意願及現行可操作性；其二學生枉顧國際看法及大陸當局意願；其三學生完全忽略台灣現行相關法規及制度安排，這些學生所開出的協定非但會貽笑大方，也會引起美國等國際力量的高度關注，也千萬不可低估大陸當局反彈的力道及所採取任何方式的舉錯。我們都十分清楚大陸當局對台底線，除反分裂國家法外，諸多政治性談話及政策主張，其中當台灣無法有效運作或是發生內亂及外國勢力必須出面時，可能大陸當局就會採取一些必然措施，筆者實在不願見到李登輝時期的飛彈危機重現，雖對選舉結果有利，但對大局不利，不僅拖累美國等國際勢力，對兩岸更是造成難以彌補的遺憾，雖然台灣目前官方還尚能有效運作，但這批學生繼續惡搞下去，恐怕後果難以收拾。
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