不過，這次共同研究報告，在一些細節上也存有分歧。最突出的一點是，雙方對南京大屠殺的死亡數字有異議。當年南京審判確認有30萬人以上為日軍屠殺，遠東國際軍事法庭也認為有20萬以上。但日方對這兩個數字都難以認同，認為有必要“追及審判記錄的可信性”。另外，對於蘆溝橋事變爆發的原因，雙方也存有分歧。中方強調其發生的必然性和計劃性，日方則將事件歸為偶然性。顯然，承認前者，則意味著確認日本發動全面侵華戰爭有預謀性和必然性；承認後者，則意味著全面侵華系意外事件誘發。
上述問題，也是困擾中日學界由來已久的“學術”問題了。事實上，如果真的從學術角度，這樣的問題也有研究的必要；日方提出的一些證據，也不能說沒有學術價值。但這裡最應把握住的一點是，要將學術與政治分開，不能以學術研究為名，行政治目的之實。具體而言，歷史細節的考究當然有必要，但樹立正確歷史觀無疑更重要；前者只是技術層面的問題，後者則屬道德與價值層面的問題。毫無疑問，離開了正確的歷史觀，任何追求細節的努力，都將離正義和真理越來越遠。而如果考慮到這樣的研究，很可能被右翼分子片面歪曲地利用，那麼其後果就更嚴重了。
在歷史問題上，許多日本公眾特別是年輕一代，常存在著這樣的誤區，認為中國執著歷史沒必要，在他們看來，二戰已經過去60多年了，這些都是他們的父輩、甚至是祖輩的事了，再追究下去已經沒有多少意義。這樣的認識，錯就錯在割裂了歷史與現實的關係。中國古代哲學家老子有一句話，一下子就點出了問題的要害，老子說：“夫惟病病，是以不病”，就是說只有認識到自己的缺點與毛病，才有可能避免重犯錯誤。以此標準來看，要求日本政府和國民對歷史有個正確認識，並不是糾纏於過去的事情不放，而是希望日本能夠為避免重蹈覆轍，確立思想與認識上的基礎。這在前些年日本政要屢屢“拜鬼”，經常否認侵略歷史的情況下，必要性是不容置疑的。
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