但扁案是貪污弊案，非重大刑事罪與“國家安全罪”。陳水扁也非一般罪犯，他是台灣前最高領導人，自然有許多特殊的地方，處理這類案件也需有特殊的方式。尤其是扁案演變至今，已不完全是一個單純的司法問題，而是一個與政治問題交織在一起的法律問題，不能完全依司法方式來解決，可能需要政治與司法的共同解決。
目前陳水扁所涉案件並沒有完全結案，還在繼續審理過程之中，依法無法以“特赦”方式處理。現在也不可能通過歷史上的“流放”或“軟禁”方式來解決，也沒有最好或最理想的辦法讓各界滿意，而較理想的解決辦法就是讓陳水扁有條件保外就醫。
馬英九嚴格依法治理，不干預司法，值得肯定。但陳水扁的案子已不僅僅是一個司法問題，多多少少也是一個政治問題。政治問題不是司法所能解決的，需要政治解決，更需要政治智慧解決，馬英九不能老是依法辦理或不干預司法作為政治解決重大爭議問題的借口。遵守法律，但執政絕不能被法律綁死、困死。
台灣政治的悲劇在於，陳水扁執政的最大問題是大玩法律遊戲，結果玩掉自己。馬英九卻是另一極端，是死守法律，被法律綁死，造成今天執政困境。保外就醫就是法律許可的，只有受刑人身體出現一定的病痛或問題，就可依規定保外就醫。受刑人身體狀況的判斷雖有醫學根據，但是有彈性解釋空間的，是有模糊餘地的，這為陳水扁保外就醫提供了可能性。
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