近年來，根據古建修復的需要，濟南市考古研究所曾對文廟一小部分區域進行發掘，發現若干石碑。碑上的記載，為研究歷代山東歷史、祭孔禮制以及文廟的發展，提供了準確的文字資料。
如今矗立在文廟西墻的“太和元氣”石碑，長約3米，高約1.5米，與目前曲阜孔廟內同名石碑均為明嘉靖二十四年巡撫副都禦史曾銑書，應是從同一件作品上拓下鐫刻的。從落款時間來看，前者比後者早一個月問世，顯示在當時，各地祭孔場所之間的密切關係。
2003年，當時還在濟南市博物館考古部工作的李銘，在文廟大成殿北墻處發掘出兩截刻有孔子像的石碑，石碑是清代人臨摹唐代“畫聖”吳道子所畫孔子像刻制的。石碑出土後，被運到濟南市博物館存放，並在李銘的主持下進行修復。如今，觀眾可以從市博物館內看到它的風采。
府學文廟歷史上還有一塊藝術價值非常高的“龍門碑”。後來被存放在閔子騫墓園內，又被請回府學文廟。這塊碑頗為奇特，上面的字打眼一看像“龍”又像“門”，兩字上下部連為一體。根據落款，“龍門”的作者為一位“沂水人”，寓意鯉魚跳龍門。
值得一提的是，在考古發掘中，府學文廟還出土一塊濟南迄今為止體積最大的古代“龍頭碑首”，高逾兩米。據此推斷，碑身將十分碩大。目前，這座石碑的碑身、碑座在哪，已經無從得知，或已遭人砸碎毀棄，或就藏在文廟地下的某個地方。倒是這塊碑首的年代，引起專家的好奇。濟南市考古研究所李銘所長認為可能為元代遺物，他介紹，古代石碑是經過封建王朝統治機構批准之後才建的，建造規格有著嚴格的禮制限定，如此巨大碑首的出現，說明當時統治者對於府學文廟祭孔活動的重視。
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