大量歷史文獻無可爭辯地表明，釣魚島是中國的固有領土，最晚從明清兩代開始，釣魚島已成為中國疆域不可分割的有機組成部分。
自明朝之初，釣魚島已納入中國疆域版圖。嘉靖十三年（1534），明政府派給事中陳侃前往琉球，冊封琉球國王。陳侃在其所著《使琉球錄》中記載道：“十日南風甚迅，舟行如飛……過平嘉山（今彭佳山），過釣魚嶼（今釣魚島），過黃毛嶼（今黃尾嶼），過赤嶼（今赤尾嶼），目不暇接，一晝夜兼三日之路程……十一日夕，見古米山，乃屬琉球者。”這一記載，清楚地指出了釣魚列島在中國疆域版圖之內。
類似上述的記載在史料中屢見不鮮。嘉靖四十年（1561年），明朝的又一任冊封使郭汝霖在《使琉球錄》中寫道：“閏五月初一日過釣魚嶼，初三日至赤嶼焉。赤嶼者，界琉球地方山也。” “赤嶼者，界琉球地方山”意為赤嶼（即今赤尾嶼）乃是對著並連接琉球地方之界山。山，古意即界山，也就是說赤尾嶼以東是琉球海域，以西是中國海域。
正是由於釣魚島及其附屬島嶼是中國疆域的組成部分，所以從明代開始就把釣魚列島納入了海防範圍，對其實施了有效管轄。刊印於嘉靖四十一年（1562年）、由福建總督胡宗憲幕僚鄭若曾編著的《籌海圖編》卷一《沿海山沙圖》中，“福七”、“福八”兩圖不但記錄了台灣、釣魚島、黃尾嶼、赤尾嶼等島嶼屬於福建海防範圍以內的情況，而且標明了這些島嶼的位置與統管區域。萬曆三十三年（1605年），吏部考功司徐必達根據《籌海圖編》中的“萬里海防圖”重繪《乾坤一統海防全圖》，圖中把釣魚列島明確標明在中國海疆海防範圍內。
實際上，釣魚島及其附屬島嶼為中國轄地，也是當時日本人、中國人、琉球人的共同認識。
1650年，琉球國相向象賢監修的琉球國第一部正史《中山世鑒》記載，古米山（亦稱姑米山，今久米島）是琉球領土，而赤嶼（今赤尾嶼）及其以西則非琉球領土。
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