流域性。三峽工程地處長江中上游的交界處，是在幹流上將長江攔腰切斷，改變了河流的形態，其影響包括長江的上游、中游、下游到河口，甚至到東海鄰近海域。影響到全流域水資源時空格局的變化、水生態系統的變化和流域區域與部門利用和利益格局的變化。
不可逆性。三峽工程造成對大量土地和耕地的淹沒，對大批文物古跡的淹沒。庫區及周邊是巴蜀文化的重要中心，有很多重要的文化遺跡，如新石器時代的大溪文化，還有大量古墓群、古鎮（如大昌古鎮）。這些文物我個人認為對其挖掘很不夠，很多文物和文化來不及系統研究就被淹沒了。
長期性。特別是一個生態系統受到了比較大的擾動以後，要重新恢復到一個新的平衡需要很長的時間。生態系統（庫區水環境、生態系統重構）、壩下侵蝕、河口生態、氣候、山地災害、地震、河流動力學過程等都受到了很大的干擾。今後的演替方向是正是負、是利是弊都需要長期的觀測。
不確定性。三峽工程是一個固定的巨大建築物，起碼會存在百年以上。它的設計和建設依據的是以往的氣象、水文和地質資料。但是，全球氣候變化將引起氣候（特別是降水）、水文等的時空變化。變化的趨勢和結果是否符合原來防洪的要求就存在著很大的不確定性。再如，誘發地震問題。由於全世界對地震的預報還沒有過關，對地震發生的機理也知之不多，因此對水庫誘發地震的問題也存在很大的不確定性。但有一點可以肯定，近年庫區附近已發生多次地震。雖然沒有造成直接人員傷亡，但是地震誘發更嚴重的山地災害就是一個很不利的影響。
我想補充一點，三峽工程還有一個很大的特點，就是在它的庫尾有一個特大城市重慶城區，庫區兩岸是人口稠密區，分布著一大批城市、城鎮、農村，對庫區造成很大的人口壓力、生態壓力和污染壓力。這在世界水電工程中是獨一無二的。三峽庫區是一個山區，又是一個人口稠密區、貧困區。我曾經概括了這麼幾句話：第一，中國版圖中心位置上的邊緣區域（渝鄂黔交界邊遠山區）；第二，古代文明發源地的高文盲地區；第三，壯麗風光中的生態脆弱帶；第四，長江黃金（1305.80， 6.00， 0.46%）水道旁的閉塞區；第五，長江產業發達帶的經濟低谷區。在這種背景下，要它承受世界最大的現代化水電工程，其矛盾必定十分尖銳。就以百萬移民來說，在世界任何國家都是不敢冒的風險。現在，三峽移民面臨的困境將是未來長期難以解決的問題。而庫區的水環境污染，也將是一個很難解決的問題。
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