我個人的觀點是，未來要非常重視上海在長江流域整體開發之後帶來的負面影響，特別要考慮到極端氣候變化的影響。我們在考慮三峽工程的防洪時，考慮到十年一遇，五十年一遇，百年一遇，乃至千年一遇。對於上海的不利影響也應該考慮到十年一遇，五十年一遇，百年一遇的極端情況的發生。例如，乾旱年、加上冬季三峽和上游水庫蓄水，加上南水北調調水，長江流域工農業用水和生活用水，加之海平面上升和碰到大潮，這些極端情況遭遇在一起的後果。
陸生生態：庫區消落帶已成為一個難以解決的問題
庫區消落帶對景觀造成嚴重的視角污染，對河岸的穩定性也造成威脅。三峽庫區是水土流失嚴重區，山高、坡陡、耕地缺乏，退耕還林已實施多年，但在三峽庫區還存在大量大於25度以上的坡耕地。
景觀：峽區雄偉奇特的美感降低
例如，對小三峽、夔門等的影響就很大。有人認為，三峽山高1000－2000多米，水庫才抬升100米左右，不會影響峽區景觀。這種觀點是不對的。因為感受高峽雄偉的最佳位置是在船上，能見的範圍是兩岸山體。相對高度只有幾百米，水庫蓄水以後急流變緩流，雄、奇、偉的感覺就大為遜色。
地質災害：全庫區發生新老滑坡變形 、坍塌
175米試驗以來，全庫區發生新老滑坡變形200餘起，塌岸百餘處，不穩定庫岸30公里，湧浪開始出現。庫區22個區縣地質災害隱患點9324處，修建前為5512處，2003年蓄水後新增3812處。
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