2008年為配合北京市郊鐵路S2線（開往八達嶺、延慶方向）開行，清華園站站台改造為高站台。因此段鐵路仍為單線鐵路，清華園站為過往列車提供待避業務，隨著此次京張高鐵建設，這裡也將建設至北京北站的清華園隧道，穿越北京市核心區，全長5.33公里。
未來，清華園老站房計劃保留，京張高鐵全線將沒有與地面交通混行的平交道口，五道口那段著名的地上軌道在施工期間也將拆除，這將大大緩解交通擁堵的狀況。線路改移和鐵軌拆除工作完成後，清華園隧道的修建工作將在年內展開。京張高鐵建成後，將大大減少延慶、昌平等遠郊區與北京市中心的通勤時間，從北京北站出發20分鐘即可直達延慶，50分鐘直達張家口，並將對北京市和河北省西北地區產生極大的帶動作用。
兩站停運
北京北站清河站將改造
昨天下午，記者來到北京北站，現行軌道外側的老站台作為文物單位保存完好。這裡是中國自主設計建造的第一條幹線鐵路——京張鐵路的車站，也是北京市郊鐵路S2線的始發（終到）站，以及正在建設的京張高鐵車站。
早在1909年，隨著京張鐵路通車，北京北站車站也投入運營，當時稱作“京張鐵路西直門車站”。車站主站房、月台、連接兩個月台的過街天橋均為詹天佑設計，至今仍然保存完好。
2009年1月17日，新建北京北站主站房啟用。改造後的北京北站與西直門交通樞紐相通，可與北京地鐵、城鐵換乘。接發車能力由原先的11對提高到17對，高峰時期可達22對。
據北京北站新聞發言人宋建國介紹，在京張鐵路建設期間，北站的到發車調整到黃土店站與昌平北站兩個過渡站，預計暫停客運服務3年，待京張鐵路建成後重新恢復客運功能。在此期間，北京北站仍保留鐵路售票功能。
京張鐵路工程項目負責人李志偉說，北京北站的站台、站房等沒有大的調整，老站房和天橋等都會保留。但在京張高鐵3年的施工期間，軌道下方會增加減噪措施，在居民住宅密集區會添加降噪屏障，外加灌木加喬木雙重綠化。
老清河站也將迎來大改造，改造工作計劃在年內展開。未來會設計成地上地下共4層車站。地下有9號線北延線、13號線、19號線等3條地鐵通過，旅客可實現地鐵與火車的快速換乘。
兩個影響
1、S2線起始（終到）站調整
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