據實驗室的幾位老師不完全統計，陳哲宇墊資購置儀器、試劑超過100萬元。在實驗室組建的最初，這筆費用多數靠陳哲宇在國外的補貼支持。
對此，濟南市天橋區人民法院一審判決稱，雖然陳哲宇提供的證據表明他曾經從國外購買試劑等，但購買時間、資金來源、是否報銷均無證據證實。而且根據李琳的手寫賬目，她為陳哲宇報銷了購買國外試劑的費用。
李琳表示，從她開始套取並保管實驗室的科研經費以來，一直有記賬的習慣。“陳哲宇也會時常查賬，從國外回來也找她報銷。”但她說不清這些年陳哲宇在試劑和儀器上投入的錢到底有多少，只是“找到我的我都報了。”
陳哲宇的一審辯護律師統計，按照李琳提供的證據《報銷明細表》，李琳為陳哲宇國外試劑換購發票僅有2次，合計7萬元左右。此外，中國青年報·中青在線記者發現，李琳的記賬簿提供了從2007年到2014年間的花費記錄：陳哲宇曾向其報銷過幾次交通費等費用，購買國外試劑共2筆，合計7萬元左右。
但實驗室建立初期的賬目是缺失的。中國青年報·中青在線記者試圖聯繫李琳，一直沒有得到回應。
在二審辯護律師周澤看來，陳哲宇領導的實驗室要正常運行，每年需要100萬元至200萬元的經費支撐。而實驗室的經費，主要靠課題組的課題經費維持，科研課題需要通過申報、競爭獲取，並不能確保每年都獲得，課題經費存在“大小年兒”的現象。
“科學研究是個持續的過程，需要穩定的資金支持和保障。”周澤律師認為，陳哲宇和實驗室的相關課題人員，通過虛開發票，將課題節餘經費中的部分資金套現後轉入實驗室的“小金庫”，並由專人保管供實驗室使用，主要目的是為了保證在課題經費不足時實驗室也能運轉。
中國青年報·中青在線記者聯繫到山大科研管理辦公室副主任欒維東，他表示，科研項目的認定需要評估教師的能力及精力，比較公平。但他同時承認，國家發放的科研經費實際存在一定的滯後性，很多項目經費發放都比課題下來晚。比如正常應該年初下發，最後九十月才到位，按照管理要求，這些錢年底又必須花完，否則就收回。
陳哲宇的一審、二審辯護律師均認為，不能割裂地看待陳哲宇墊資和分配科研經費兩個事件。
“神經生物學實驗室是山大的，陳哲宇本來沒有義務去墊支，但由於科研需要，他墊支是事實。在實驗室發展起來後，科研經費充足的情況下，雖然方式不當，但實際上是拿回自己的投入，沒有損害國家集體的利益，也沒有給公共財產造成損失。”他們表示。
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出事後，山東大學神經生物學系的官網撤掉了陳哲宇、李琳的名字，即使他們是系裡最初的科研力量。
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