1996年第三屆甲A聯賽，申花以10勝9平3負積39分的成績獲得亞軍。該年度申花不但第一次引入效力過五大聯賽(法甲)和有國家隊出場紀錄的隊員，中場核心克里斯蒂安-佩雷斯更是當年法國國家隊中場主力。
1997年，申花動蕩的一季，未完成奪冠任務的徐根寶下課，保加利亞教練斯托伊科夫帶隊打了九輪聯賽也黯然離開。波蘭老帥安傑伊初上任就遭遇歷無前例，且到目前也沒發生過第二回的中國頂級聯賽最大比分差“1比9慘案”(1997年7月20日)。但申花最終還是以11勝7平4負的成績獲得聯賽亞軍。安傑伊也是申花第一次引入有國家隊背景的外國教練。
1998年聯賽，申花隊由安傑依和墨裡西先後帶隊，最後以11勝12平3負的成績再獲亞軍，連續三年被大連萬達壓在身下。而大連隊98年教練正是徐根寶。但該年申花兩勝遼寧，贏得足協杯冠軍。1999年，拉扎羅尼帶隊申花，這也是申花第一次引入帶國家隊打過世界杯決賽圈階段的外國教練，但拉扎羅尼卻只把申花帶到了第六的歷史最低位，不過拉扎羅尼為申花贏得了99年3月7日舉行的超霸杯冠軍。
2000年，申花隊從外援到外教，全部轉向前南體系，在彼德洛維奇帶領下，原本弱勢的申花獲得了聯賽亞軍，但依然被大連隊搶在了前面。
2001年，彼德洛維奇帶領申花第二次獲得聯賽亞軍，隊伍中途引入的巴西後衛儒尼奧爾-巴亞諾，是申花第一次引入的參加過世界杯決賽的球員。該年年初，申花對大連一勝一平，第三次獲得超霸杯。
2001年12月19日，上海文廣集團宣布全面控股申花，但俱樂部名稱裡保留申花二字。徐為赾擔任董事長，樓世芳出任總經理，聘請徐根寶出任主帥。申花隨即第二次重大分裂，祁宏和申思兩位主要隊員離開加盟上海中遠，範志毅在被蘇超鄧迪短暫租回時也選擇了中遠效力。當年申花隊只獲得聯賽第12名。但在8月18日，申花踢出隊史第一高贏場比分：7比1勝八一。 |
