2003年吳金貴帶領重生後的申花，在申花史上公認第一外援的阿爾貝茨的協助下，獲得末代甲A冠軍，但在2013年年初，該冠軍頭銜因打假球事件被剝奪。
2004年後進入中超時代，05年和06年兩個賽季，在涅波和吳金貴的先後帶領下，申花獲得兩次聯賽亞軍。2007年2月8日，中超球會上海聯城的投資人朱駿入主申花，兩只中超隊伍隨後完成合併，雖然奪冠雄心爆增，但當年在烏拉圭教練吉梅內斯帶領下僅列第四，不過在A3聯賽上卻逆轉神奇奪冠。2008年，在吳金貴和賈秀全的先後帶隊下，申花獲得亞軍。職業化後已經獲得8次聯賽亞軍。
2009年12月9日，朱駿宣布簽下克羅地亞名帥布拉澤維奇，但隨即爆發申花第三次重大“人員分裂潮”，杜威、郜林、毛劍卿、孫吉、孫祥等人紛紛離開。但布拉澤維奇成功的將年輕的申花帶到聯賽第三。
2011年12月12日，2012年6月20日，0809英超金靴阿內爾卡，0910英超金靴德羅巴先後宣布加盟申花。他們當之無愧是中國聯賽歷史上引入的最大牌選手。但申花只獲得第九排名。由於欠薪門事件被爆出，賽季結束後兩人隨即離開申花。
2013年11月18日，媒體爆料，申花可能離開上海，選擇昆明為下賽季主場。（來源：新浪體育） |
