1.談判的時間與簽署的時機
目前兩岸兩會談判遵循先經濟後政治的順序，何時開啟政治議題的談判，何時簽署相關的協議，都應當有充分的評估。第一種選擇是在兩岸經濟性協議談判取得明顯成效後，正式進入政治性的和平協議談判；第二種選擇是馬英九卸任之前，通過習馬會發表共同聲明等更為簡便的形式開啟兩岸和平協議談判的進程；第三種選擇是留待馬英九卸任後根據台灣政局發展的實際狀況，再展開兩岸和平協議談判。兩岸和平協議簽署的時間則放在更加後面，必須等待談判的結果，同時考量兩岸和國際的客觀背景。
2.簽署的地點與簽署的儀式
可以把兩岸和平協議的簽署與兩岸領導人的見面安排相結合，宣示兩岸關係標誌性的跨時代的開始。從現實與安全考慮，兩岸和平協議的簽署地點可以放在廈門或金門，由兩岸的最高領導人共同出席簽署儀式，見證兩岸和平協議的簽署。
3.生效實施及其監督執行的方式
兩岸和平協議簽署之後，兩岸應當各自交付民意機構表決通過，完成其法律效力的民意建構，以確立其合法性和有效性。兩岸可以成立兩岸共同事務委員會負責和平協議的後續協商、條文解釋與監督執行。
四、兩岸和平協議的具體內容
兩岸和平協議是綜合性的、原則性的、概括性的協議。兩岸和平協議不可能解決兩岸關係中的所有問題，兩岸關係中的具體問題應當由其它協議來具體規範，因此，兩岸和平協議條文不必太多，解決兩岸關係中的原則性的問題。在兩岸協議的範疇中，兩岸和平協議是現階段法律位階和法律效力最高的兩岸協議。為其它具體的、部門性的協議提供法律上的淵源和協商的方向。
在形式上，兩岸和平協議可以參照國際條約，包括這些具體內容：一是名稱，可稱為各界都較能接受的“兩岸和平協議”；二是序言，包括協議各方的名稱，以及訂立協議的動機；三是主要條款，列為具有編號的條文，可以有附件；四是最後條款，包括協議的期限、批准、生效時間等雜項規定；五是代表的簽署等證實形式。
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