兩岸在涉外領域的問題和矛盾因涉及到國家的主權，所以較之其他問題更為敏感與複雜。在以世界上只有一個中國，中國的領土和主權不容分割。大陸是中國的一部分，台灣也是中國的一部分為核心內容的一個中國原則下，台灣在諸如聯合國等由主權國家政府參與的國際多邊領域中幾乎不可能有參與的空間，這是由國家主權的完整性、排他性所決定的。在一些對參與成員的資格要求較為寬鬆的功能性、專業性政府間國際多邊領域，台灣才存在以非主權國家的適當身份參與的可能性，但在現行的國際認知和規則下，台灣參與此類國際組織還需要有一個重要的前提，即兩岸要達成一定的互信，以此為基礎，台灣參與的可能性才會轉化為現實。而在非政府國際多邊領域，台灣非政府組織的活動只要是公益性、民間性的，一般情況下大陸並不持異議。但在陳水扁主政時期，為達到分裂國家的目的，台灣當局常常為對外經濟文化活動附加上明顯的政治目的，並利用非政治組織在國際上為“台獨”拓展活動空間，也使“台獨”與反“台獨”鬥爭延伸到非政府國際多邊領域的。兩岸關係進入和平發展軌道以來，兩岸在同屬一個中國這一根本問題上有了基本共識，才為過去很長一段時期無解的台灣參與國際組織問題找到了化解與調和的空間。近5年多來，台灣參與政府國際組織活動問題也因此逐步開始解決，如自2009年起，台灣開始以觀察員身份參與世界衛生大會，今年台灣又得以國際民航組織理事會主席“特邀貴賓”身份出席該組織9月在加拿大召開的三年一度大會等 。在非政府組織的國際活動方面，大陸的政策也更加務實、靈活，兩岸同時參與非政府國際多邊活動的機會增加。
從目前情況看，雖然大陸與馬英九當局在兩岸同屬一個中國上有一定互信，可目前台灣方面仍然在著力尋求不從屬於大陸的“獨立政治實體”的國際認知，而大陸方面從維護一個中國框架出發，則要確保台灣的國際參與不會造成“兩個中國”、“一中一台”的國際視聽，兩者的矛盾顯而易見，而且在兩岸政治關係沒有實質性突破之前不可能消失，這意味著兩岸難免在涉上問題上產生摩擦甚至衝突。正是因為這一矛盾的存在和延伸，兩岸在非政府國際多邊領域也不可避免會不時發生摩擦與衝突。此類摩擦與衝突的發生，會不時地挑動兩岸關係中最為敏感的那根神經，客觀上會遲滯兩岸關係的和平發展，尤其此類問題一但被人刻意渲染、炒作和煽動，就會破壞兩岸和平發展、互利合作的整體氣氛，加之非政府組織的民間性特質，摩擦與碰撞會變得極易傳導和擴大，從而將兩岸民眾的情緒引向相互猜疑和不滿，尤其會升高台灣民眾對大陸的抵觸情緒。為了保證兩岸關係在和平發展的軌道上平順、持續推進，需要認真面對和妥善處理兩岸涉外活動尤其是兩岸在國際非政府多邊領域的互動問題。
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