可是李登輝萬萬沒有想到，他的這一套國族建構藍圖，卻給台灣社會帶來了紛擾與災難，台灣自此進入了國家認同與兩岸定位的民主內戰。這一場內戰並不是以暴力，而是以選舉方式來進行。國家與社會認同的分歧並沒因為每一次的選舉而結束，反而愈演愈烈，成為每一次大選的主軸，迄今沒有結束的跡象。
首先是國民黨內部開始分裂，新國民黨連線、新黨、親民黨相繼成立。他們在不同階段分別質疑李登輝的國族建構路線。
1996年的選舉是台灣民主化以來的第一場總統大選。李登輝用國民黨這塊招牌來遂行其自己的理念。1996年國民黨高興贏得了總統大選，但是四年之間，他們逐漸發現，李登輝原來走的根本不是國民黨的憲政路線，所謂“國統綱領”與“國統會”根本是李登輝鞏固其權力的工具，而不是他真正的信念。李登輝對於中國是沒有任何情懷的。1999年拋出“特殊國與國”的“兩國論”，讓國民黨才真正感覺到受騙了。事後證明參與“兩國論”論述的重要核心，竟然都是未來民進黨的重要領導幹部。國民黨後悔已晚，“戒急用忍”已經讓台灣失去了在中國大陸發展的先機；更重要的，李登輝的“台灣主體性論述”已經逐漸取得主流，國民黨內部又無法形成一個可以超越的論述。
在國族建構過程中，李登輝用的策略是“強調民主、不理憲法”。他用“民主自決”做為台灣前途何去何從的依據。李登輝的策略是，台灣未來的前途必須由台灣地區的住民自己決定，這一點上，李登輝與民進黨有了交集。
（三）大選沒有解決民主內戰
任何一個社會都會有分歧，總統大選往往是解決國家方向何去何從的最好方法。可是在台灣，弔詭的事發生了。1996年的大選，代表國民黨的李登輝，勝選以後，走的卻是反對黨的路線。大選結果不僅沒有解決問題，反而使得問題更錯亂與複雜。
2000年是台灣第二次總統大選，是一場以國家認同與兩岸定位為主要訴求的選戰，選舉結果應該可以對台灣未來何去何從做一個清楚釐清。可是由於藍軍的分裂，而使陳水扁坐收漁翁之利，陳水扁以沒有過半數的相對多數贏得選舉。由於陳水扁沒有過半數，在國會又是少數，選舉結果等於沒有解決台灣的國家認同問題，台灣的民主內戰並沒有結束，台灣內部無論在立法院或是媒體，仍然進行著“嗆聲式的民主內戰”。由於國民黨不能接受陳水扁的主張，又沒有辦法提出一套合理的台灣前途論述，台灣從此開始在口水中虛耗，整個社會處於對立，國家前途沒有方向。
李登輝從2000年起成立台聯，推動“台獨”的國族建構。2002年陳水扁拋出“一邊一國”，企圖為台灣的國族主義找到定位，走的是李登輝的路線圖。這時候的國民黨雖然已經擺脫掉李登輝的領導，但是並沒有勇氣回歸原本的憲政主張，即“一個中國”原則；反而在精神上仍然延續著李登輝的“台灣主體性論述”路線，國民黨已經失去了自己的論述，開始採取與民進黨爭奪“台灣主體性論述”的詮釋權。
2004年的大選，是台灣第三次大選，也是對誰主導台灣前途路線的再一次檢驗。雖然陳水扁獲得了半數選票，但是由兩顆子彈的疑雲，使得陳水扁當選的正當性受到質疑。因此，民主的內戰仍然沒有結束，國家認同與方向問題仍然沒解決。隨著陳水扁集團貪腐事件受到質疑，陳水扁用激進的台獨路線來掩飾貪腐。“烽火外交”、“以台灣名義加入國際組織”，“公投入聯”，都是這個思維下的產物。
陳水扁的八年執政，卻無法宣佈台獨，間接證明了台獨是一條不可能成功的道路，陳水扁的貪腐行為也灼傷了台灣國族建構的正當性。但是從李登輝以降所發展出來的“台灣主體論述”已確定成為主流。2005年的修憲，國民黨配合民進黨，兩大黨聯手讓“法理台獨”入憲。2007年民進黨主張“入聯公投”，國民黨也主張“返聯公投”。馬英九的競選廣告，也主張台灣的前途必須由2300萬人決定。換言之，馬英九接受了李登輝以“民主自決”的方式決定台灣的前途，而不是依據中華民國憲法來決定台灣的未來。
（四）馬英九選擇了“不統不獨”的“台灣前途未定論”
2008年的大選，是台灣第四次大選。馬英九以七百多萬票贏得大選。按理來說，這一場長達十餘年有關兩岸關係定位與國家前途的民主內戰應該有個結果了；但是由於馬英九先生所代表的國民黨在本質上已經接受了李登輝的台灣主體性的“台灣前途未定論”路線，任用賴幸媛擔任陸委會主委、鄭瑞城擔任教育部長，充分地反映出馬英九的思維：他尋求的不是一個清楚的路線選擇與清晰的兩岸定位，而是一個置未來於不確定狀態的兩岸論述。
在馬英九的戰略佈局中，台灣最需要大陸的是經濟，他要談的是“經濟地理”，而不是“政治歷史”；他希望的是只談現在，不談未來。馬英九不再提他曾經參與的國統會或國統綱領，主導他的思想是“不統、不獨”；他接受了用“民主自決”來決定台灣未來前途的論述，而不提憲法的一中，他目前走的正是“台灣前途未定論”的路線。
馬英九當選以後，希望用討好妥協的方式來結束台灣長達十餘年的民主內戰，但是民進黨可不這麼想。民進黨對兩岸協商與未來ECFA的質疑，顯示出兩岸定位與台灣前途問題不可能隨著馬英九的討好妥協而結束，未來的每一場重要選戰，仍舊還會有著民主內戰的影子。如果馬英九不能有勇氣實踐一套前瞻性的論述，而只是選擇討好妥協或接受李登輝的“台灣主體性論述”，這場民主內戰不容易結束，台灣極有可能繼續內耗。
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