史觀會影響到人民對於現實政治的態度，由於馬英九在史觀與論述上沒有脫離李扁二十年所設下的“台獨”或“獨台”框架，雖有“撥亂”，但是“反正”不足，因此，雖然兩岸經貿關係發展迅速，但是在政治話語上，馬英九必須不斷強調自己“愛台灣”、“台灣主體性”、“主權獨立”等等民進黨為追求台獨所設定的話語。
由於無法創造另外一個話語體系，而只是在民進黨的話語體系中打轉，這種“拿香跟著拜”的作法，無法感動對國民黨有期望的選民，因而選票愈得愈少。再由於國民黨不停地拿著香跟著拜，更凸顯了民進黨主張的正當性。蔡英文此次敢於大聲否認“九二共識”，亦即否認“一個中國”，馬英九雖然肯定“九二共識”，但是避談“一個中國”，其理由正是在此。這也是馬英九選的很辛苦的原因，這個趨勢如果繼續下去，未來的國民黨會愈來愈難選。
以下是兩份台灣政治大學選舉研究中心長期進行民意調查的結果。可以證明馬英九在其第一個任期內，由於缺少大方向的論述，使得兩岸認同差異的趨勢沒有改變。這兩份民調，顯示兩岸在關鍵性的群體認同與未來前途上認同的差距繼續加大。從學理上我們可以瞭解這是因為台灣政壇缺少一股引導兩岸認同與方向上的力量，從政治操作上來看，各政黨很容易將其視為民意的展現，因而更不願意調整這樣的趨勢，反而是順著這樣的趨勢來制訂政策。
民進黨陳水扁執政末期，2007年，主張自己既是中國人也是台灣人的認同為44.7％，台灣人的認同為43.7％，中國人的認同為5.4％。但是馬英九執政以後，這個趨勢沒有更改，認同中國人的繼續下滑至2011年6月的4.1％，是中國人也是台灣人的降到39％，是台灣人的則逐年增加至54.2％。
在有關統獨的選項方面，相較於2008年前，在馬政府執政期間，主張“永遠維持現狀”、“偏向獨立”的比率均有上揚增加趨勢。在2011年6月，台灣民眾支持“維持現狀以後再做決定的約33.3％，永遠維持現狀的26.8％，「維持現狀以後獨立”（偏向獨立）的17.4％，“維持現狀以後統一”（偏向統一）的10.6％，“儘快宣佈獨立”的有5.8％，“儘快統一”的有1.4％。
馬英九在第二任內，面對這樣結果的民意調查時，會有兩個選擇。第一是他選擇傾聽民意，因而繼續目前的“不統、不獨”路線；另一個是引領民意，選擇給人民一個健康與方向，領導人民往對台灣與兩岸長期有利的方向前進。
馬英九在第二任期的選擇與挑戰
（一）是否要有兩岸政治性的安排？很多人認為，馬英九在第二個任期內，因為已經沒有了為追求連任的包袱，會追求其歷史定位。這涉及一個問題，即馬英九對自己的歷史定位是甚麼？是讓兩岸關係在其任內要建立政治性安排，以鞏固或強化現有的兩岸和平發展趨勢？或是永遠的維持兩岸的“不統、不獨”政治狀態，即追求政治上的“偏安”或“獨台”？要以現有為事務性協商為目標所建立的“九二共識”為滿足，或在“九二共識”基礎上追求一個有助於兩岸政治互信的“後九二共識”？
在馬英九的第一個任期內，在有關台灣前途問題上，馬的說法是“不統、不獨”。所謂“不統”，馬英九自己的解釋是“任內不談統”，可是從文字上來看，“不統”是指“不統一”而非“不談統”。所謂“不獨”，馬英九是指“不主張台灣獨立”，但是馬英九卻主張“中華民國是個主權獨立的國家”，因此，所謂“不獨”並不是指不要“主權獨立”，而只是“不要台獨”。
沒有人會期待或認為馬英九會去與大陸“談統”，在第二任期，馬英九必須面對“不談統”與“不進行政治性協商”是兩件事情的差別。馬英九有無意願在事務性協商之外，在開啟政治性的對話，特別是有關軍事互信機制與兩岸政治定位的對話、協商、甚而談判，也考驗馬對於自己歷史定位的認知。
（二）馬如何看待兩岸政治安排？
馬英九政府自2008年上任以來，對於兩岸政治定位的表述方式已經發生改變。2008年選舉以前，馬英九的政見還包括推動兩岸和平協議、建立兩岸軍事互信機制，為此，胡錦濤在2008年底的“胡六點”也做了回應。但是到了2009年中期，馬英九的態度開始轉變了，“中華民國是個主權獨立的國家”、“台灣前途由2300萬人共同決定”等言詞經常出現在馬政府團隊的口中，“先經後政”事實上卻是“只經不政”。針對2012年的大選，“兩岸和平協議”已經不再是馬政府的競選政見，而是與一般人民共同表達期望而已。不僅如此，2011年10月19日，馬英九又為“兩岸和平協議”加了“公投同意”這個條件。這意味著即使馬英九當選連任，未來四年也不易再有政治性的和平協議了。
自2004年起，國民黨均反對用“公投”來於處理兩岸關係。2008年的“返聯公投”也自我詮釋為只是避免與民進黨直接在“公投”議題上交鋒所做的權宜之計。但是這次在還沒有討論“兩岸和平協議”應有的內容前，就將之與“公投”掛勾。這顯示馬對於“公投”態度的轉變，還是馬英九與國民黨的立場有不同？
馬從2009年中起已經讓關心兩岸和平協議者降低了預期心理，在選前又將其與“公投”掛勾。這反應出馬並不認為簽署和平協議是兩岸未來互動的當務之急。“先經後政”是馬英九對外的正式說法，“只經不政”或許才是內心真正的選擇。如果馬認為兩岸的政治性安排不利於他的執政，那麼未來四年恐難有政治安排了。
（三）有無意願跨越兩岸的內部政治結構因素
馬英九第一個任期內，在國民黨享有四分之三絕對多數的國會的優勢情形下，ECFA這樣一個經濟性的協議，都面臨極為困難的挑戰。但是事後證明，民進黨還是接受了ECFA。這表示，只要是對的事，國民黨應該勇敢地去做。未來兩岸如果要進入政治性的協商或安排，可以想見要面對民進黨等在野力量的更大挑戰。關鍵在於國民黨自己本身的信念與意志。
目前民進黨與台聯總共有43席，國民黨只有64席，依法來說，過半數的國民黨有能力可以遂行其政策，但是一個在論述為已經為民進黨所框住的國民黨，是否有足夠的論述與意志力來貫徹其理念，我們有高度懷疑，但也有高度期許。
北京方面對於在馬第二任內建立起兩岸政治性安排是充滿期待的。從這次大選中，北京幾乎毫不保留地對馬英九表示支持，一方面是希望兩岸現有的成果不要因為蔡英文否定“九二共識”而遭到停滯或倒退，另一方面也期望馬在其第二任內可以進行政治性的協商。
不過，北京雖然有意願，但是也面臨到兩岸的政治結構挑戰。首先是北京的政治結構，胡錦濤將於2012與2013年分別離開總書記與國家主席要職，如果在這期間兩岸沒有辦法進行政治性安排的討論，未來的新領導人可能需要時間來進行其對台政策的總考慮。反之，從2014年以後，台灣又開始進行另一輪的五都選舉與“總統”大選準備。2014年起，馬英九已經進入他第二任的後期，馬是否有足夠的意願與能力在進行兩岸政治性安排的協商，未來馬英九的接班人是否願意接受馬英九的政治安排，都是值得關注的。
簡單地說，從結構面來看，馬英九推動兩岸政治性安排的可能會隨著其任期愈往後愈弱。如果不能在其第二任內的初期儘速推動兩岸政治性安排協商，愈到後來，他要貫徹意志力的空間也愈小了。
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