訓練也是中國新興核動力彈道導彈潛艇部隊所面臨的另一個潛在挑戰。雖然數字化訓練和模擬訓練能有所幫助，但是世界其它國家海軍精通潛艇作戰的唯一方法就是出海訓練。中國海軍近幾年提升了演習的難度，並且訓練科目內容更加豐富，包括指揮和控制、導航、電子對抗、武器試驗等。此外，中國潛艇巡航行動在最近幾年有所增加，2008年，中國海軍進行了12次巡邏，是2007年的兩倍。潛艇巡航數量的增加，以及中國優先考慮發展潛艇部隊，表明中國海軍的潛艇能夠頻繁前往更遠的海域執行任務。事實上，中國海軍潛艇部隊能執行的任務不斷增多，作戰力日益增強，這為中國提高潛艇在琉球島鏈以東的西太平洋的存在創造了條件。
雖然中國潛艇仍然就具體威懾性巡邏訓練的向外保密，但是中國海軍在努力提高海軍教育和訓練的嚴格性和現實性。在這種情形下，潛艇部隊的訓練成為海軍重點訓練領域，並且海軍正在採用大量的方法來使潛艇部隊為未來戰爭做準備。海軍已經使用不同類型的模擬器來改進潛艇的訓練。
與核動力彈道導彈潛艇建立和保持安全和可靠的通信是任何國家在獲取海上威懾力量時所面臨的另一大挑戰。中國認為，中央軍委集體應對核力量保持嚴格的、高度集中的指揮和控制。據稱，中國的潛艇部隊已經使用高頻、低頻和極低頻進行通信。研究人員正在研究一些可用於與潛艇開展安全通信的技術，以及防止敵人偵察潛艇與岸基司令部之間的通信的技術。在對手可能企圖破壞其指揮和控制系統的環境中，確保潛艇保持通信的能力是中國海軍所面臨的一個重大挑戰。目前還不清楚，在各種衝突的情景中，中國海軍對核動力彈道導彈潛艇的指揮、控制、通信的可靠程度如何。
除此確保安全、可靠的通信之外，部署中的核動力彈道導彈潛艇還面臨著使用控制方面的挑戰。中國強調集中控制核作戰力量，因此，沒有有效的使用控制，中國海軍是不可能進行威懾巡邏的。據推測，中國不僅努力開發出強大通信能力，確保在戰時至少保證北京與094型核動力彈道導彈潛艇建立單向通信，而且通過綜合技術和程序方面的控制，以最大限度地減少意外或未經授權發射核彈的危險。
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