首先，“休漁令”主要目的是控制在南海的過度捕撈，使漁業資源可以休養生息，容易得到國際社會的讚賞和支持，但它同時是高明的主權宣布，有利於世界上其他國家對中國南海主權的認同。因為無論對方贊成與否，都意味著對方承認中國擁有南海主權。因此，“休漁令”頒布之後，菲律賓起初表示歡迎，後來回過味來後才表示反對。而越南是在更晚的時間表示反對。但即使有國家反對，外界也可以將之解讀為此國所反對的只是其中的某個條款，而不是否認中國的南海主權。而那些沒有表態的有關國家則只能解讀為默認了中國的主權管轄。
其次，“休漁令”頒布後，加強了我方採取海上執法行動的合法性和主動性。由於“休漁令”的有效適用範圍覆蓋所有主權屬於中國的南海島礁和水域，中國漁政和海監部門在這些海域執法就師出有名，而且合理合法。他國漁船如有違反者則依照該法規處理，這樣一來，中國就在事實上加強對南海海域的管轄，進一步鞏固了中國的南海主權。
第三，“休漁令”可以暫時減少我方漁民與對方發生糾紛的幾率，有利於為當前的黃岩島對峙降溫，在外交上也是得分的。
最後，“休漁令”的頒布和實施對於今後中國維護高度複雜的海疆具有重要的啟發意義。“休漁令”的最大啟示在於，通過研究法律、制定法規，通過構建、完善管理制度，加強執法力量，同樣可以成為維護我主權的重要手段，可以上升為維護我南海主權行動的中心議程。中國既然已在漁業資源管理方面頒布了“休漁令”，那麼在其他領域中國也需要盡快出台相應的法規條例和管理規定。
筆者認為，為了完善中國南海主權管轄的政策法規和管理制度，中國可以重點打造以下三個南海地區治理機制。
1.南海地區環境保護機制
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