失去戰略對手後，俄軍建設迷失了方向，軍隊發展完全由高層領導的喜好決定，特別是謝爾蓋耶夫擔任國防部部長期間，有限軍費中的80%都用在戰略核力量建設上。
這也導致俄軍高層對武裝力量的調整缺乏理性、統一的長遠規劃。1997年11月，俄將原直屬國防部的軍事航天力量與原防空軍的導彈太空防禦兵並入戰略火箭軍。次年，將原空軍和防空軍合併，組成新空軍。這造成空天防禦的主體力量——導彈太空防禦部隊和國土防空軍分別落在戰略火箭軍和空軍兩個軍種之中，其發展受到嚴重桎梏。
就在俄軍發展處於迷茫期時，1999年，北約實現首輪東擴，並提出先發制人的“戰略新構想”，隨即繞過聯合國發動科索沃戰爭，俄羅斯的戰略空間和傳統勢力範圍受到擠壓。
普京上台後，對國家安全形勢進行了冷靜反思。2000年1月和4月，俄先後頒布新版《俄聯邦國家安全構想》和《俄聯邦軍事學說》，徹底結束對西方一廂情願的“單戀”，客觀地將美國和北約視為主要的潛在敵人和戰略對手。同時確立“均衡發展”的建軍新方針。
為挽救國家空天防禦能力，2001年6月，俄羅斯把軍事航天力量和導彈太空防禦兵從戰略火箭軍中又分離出來，組建航天兵。幾經曲折反覆，俄天軍終於得以獨立門戶。
進入21世紀，美國明確提出以絕對軍事優勢謀求“絕對安全”的防務戰略，“9.11”事件更使美國意識到防空反導預警系統的極端重要性。2001年12月，美國宣布退出反導條約，建立國家導彈防禦系統。此後幾年裡，美國處心積慮地在俄羅斯的後院波蘭和捷克境內部署攔截導彈、建立反導雷達預警基地。這使得俄羅斯苦心經營的“看家寶”——遠程洲際彈道導彈的效能大打折扣。
美國在努力打造防禦“盾牌”的同時，也在研發和部署新一代空天進攻的“利劍”，如X-37高超音速空天飛機等。據俄空軍總司令澤林判斷，到2030年美國將具有在全球範圍內，隨時對俄境內任意目標實施高精確打擊的能力。
面對美國步步緊逼，俄軍事專家認為，在未來戰爭中，空天對抗的地位將更加突出。科索沃戰爭也證明，一體化的空天戰略襲擊已成為美國和北約在未來戰爭初期最可能使用的入侵樣式。如果俄羅斯在空天領域的對抗中失手，所面臨的核打擊和大規模地面入侵的威脅都將上升。因此，俄國內要求恢復統一空天防禦體系的呼聲不斷高漲。
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