（1）兩岸之間構建和平發展框架的重要內容
兩岸之間的關係並非國與國之間的關係，也非一般的國內關係，而是特殊的國內關係，是上個世紀40年代中後期中國內戰遺留並延續的一個中國框架內的政治對立。去年以來，兩岸關係發生了重大變化，雙方已經初步形成良性互動態勢，兩岸關係步入和平發展軌道。今後一個時期，兩岸應共同構建和平發展的新框架，為兩岸同胞謀福祉，為台海地區謀和平，維護中華民族的整體和長遠利益。
從經濟方面說，兩岸理應通過簽訂經濟合作協定、建立兩岸經濟合作機制，深化兩岸經濟合作，促進兩岸經濟共同發展，這是構建兩岸關係和平發展框架的重要內涵之一。鑒於兩岸的特殊關係，兩岸間合作的政策、給予對方的待遇等方面便會具有自身的特色。例如，兩岸間的合作可以執行“同等優先、適當放寬”的政策；在一定條件下或一定範圍內，雙方可以彼此將對方的投資或大陸先將台灣的投資視為內資，給予內資待遇；可以視為內貿品，即給予零關稅待遇的產品範圍可以適當放寬；大陸可以給予台胞等同於大陸居民的公民待遇等。這些措施既能體現兩岸特殊的國內關係，又能促進兩岸商品、資金、人員等的交流，有利於兩岸經濟的共同發展。
（2）應該“有利於探討兩岸經濟共同發展同亞太區域經濟合作機制相銜接的可行途徑”
兩岸之間簽訂經濟合作協議，建立合作機制本身就是兩岸參與亞太區域經濟合作的組成部分，也為台灣提供了通過該合作機制走向國際的途徑。但是，大陸並非希望借此“套死”台灣，並非希望將其作為“引君入甕”的策略；相反，大陸希望在此基礎上，通過有效的安排，在雙方加強經濟合作的過程中，探討台灣地區與東盟及其他國家經濟合作的恰當方式，至於用什麼樣的名義和途徑來實現這一點還需要雙方共同探討。台灣綠營人士要求大陸政府在兩岸簽訂ECFA的同時，也能允許台灣和東盟各國商談簽署ＦＴＡ，正如尹啟銘先生所說，這是附帶條件或籌碼去和大陸談判，會使問題複雜化。與其提出這種不切實際的要求，不如根據目前雙方的政治現實和經濟現實，研究“兩岸經濟共同發展同亞太區域經濟合作機制相銜接的可行途徑”，例如，可以先通過兩岸的學者、專家先行探討，這樣可能會更有意義。
（3）合作進程具有跨階段交叉發展的特點
目前，世只上區域經濟一體化蔚為風潮，WTO成立以來，區域貿易協定的簽訂數量就已經超過了300個，大部分簽署的都是自由貿易協定。其中，任何兩個像兩岸之間經濟聯繫這麼緊密的經濟體都早已簽訂了區域貿易協定，建立了經濟合作機制，這就說明兩岸建立經濟合作機制具有較好的基礎和較高的起點。但是，兩岸間由於多年的對立，在貿易、投資以及人員往來等方面還存在諸多不合理的限制，經濟關係還未實現正常化，這些限制也不是短期內一下子就可以取消的，要有一個過程。儘管如此，在過去幾年，大陸方面單方面採取了若干惠及台灣農民的優惠措施，如對部分農產品實施“零關稅”，這一舉措一般是在“自由貿易區”階段才可能實現的。
這就說明了兩岸間的經濟合作機制進程可能不會是按照自由貿易區、關稅同盟、共同市場、經濟一體化的慣常順序循序發展；而是可能根據兩岸政治經濟的現實情況，在可以加快合作的方面就加快合作，短期不能加快合作的方面就予以放緩，可能出現上述不同階段在不同產業、不同層面的雜糅，形成跨階段交叉發展的狀況。
（4）在特定地區先行先試
兩岸間的政治、經濟體制都不同，所以加強經濟合作的很多做法應該慎重。為此，台灣當局表示，目前擬將特區列為ECFA談判時的指定先行試點，除試行ECFA中互免關稅項目外，也會就兩岸點對點分工合作先做試行。大陸由於地區差異太大，且發展水準不均衡，兩岸經濟合作機制中的有關內容不可能在大陸全面實施，為此可以根據需要選定若干地區對有關政策先行先試，積累經驗後再全面、深入地推進是非常必要的。
因此，兩岸分別建立特區，就有關合作內容進行試點，會有利於兩岸合作穩妥地、逐步地開展，並且兩岸還可以在適當的地方共建某些特區，以利於雙方更好地合作並在合作中增加互信、積累經驗。
（5）以建構兩岸“命運共同體”為戰略定位，全面深化合作關係
胡錦濤在十七大報告中提出十三億大陸同胞和兩千三百萬台灣同胞是“血脈相連的命運共同體”，“中國是兩岸同胞的共同家園”，兩岸息息相關、一損俱損、一榮俱榮。顯然，這樣的戰略定位是完全不同於各種類型的“夥伴關係”的。馬英九先生最近提出，兩岸應“同舟共濟，相互扶持，深化合作，開創未來”。“命運共同體”與“同舟共濟”有異曲同工之妙，這就決定了兩岸的經濟合作具有不同於其它經濟合作的特點：
其一，兩岸特色的經濟合作機制，以最大限度實現優勢互補、互惠互利為原則。但對於短期內只是有利於台灣經濟提升競爭力和擴大發展空間、只是有利於台灣民眾而對大陸沒有利益甚至有些損失的事情，大陸同樣會盡最大努力去做，並且一定努力做好。因為雙方是“血脈相連的命運共同體”，是同一條“船”上的人，若在每一件事情上都能實現雙方的共同發展，實現“共榮”更好；若暫時只能使一方獲得利益，那麼一榮俱榮，也是應該努力去做的。
其二，兩岸經濟合作的廣度和深度要大於一般的經濟合作機制。除了歐盟外，世只各區域經濟合作組織主要是通過政府之間簽訂區域經濟合作協定，降低關稅以及貨物、資金、人員流動的障礙等為成員方的經濟合作確立制度性規範，並依靠跨國公司的力量，根據市場原則在區域內實現貿易、投資等方面的經濟合作。但是，對於提升台灣經濟的競爭力、擴大其發展空間來說，對於促進兩岸經濟共同發展、增進兩岸人民的福祉來說，對於增進整個中華民族的整體利益和長遠利益來說，僅僅這些方面的合作是不夠的，兩岸還需要共同提高技術的自主創新性、共同開拓市場、形成自主品牌、制定共同標準等，這就需要雙方全面加強產、官、學、研各方面的合作。
（6）應加強兩岸間中華文化的交流和文化創意產業的合作
世只歷史上任何一次大的經濟發展或社會制度的變革，總是伴隨著思想文化的變革。因為先進文化的形成和確立可以為科學技術革命、經濟的發展，進而為制度的變遷奠定思想基礎。所以，兩岸通過對中華優秀傳統文化的繼承和弘揚，通過開展各種形式的文化交流，也將為經濟合作機制注入文化因素，有利於雙方形成共同的價值觀，增進合作，使經濟合作穩定、漸進地開展，從而為兩岸經濟的發展、制度的變遷、民族的振興奠定基礎。
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