2000 年4月19日，時任社科院台研所副所長的余克禮一行應台灣政治大學邀請，訪問台灣。沒想到這次單純的學術訪問，卻在島內引爆一場“余克禮風波”。據香港媒體報道，余克禮在台表示，反“台獨”是大陸一貫政策，一個中國是發展兩岸關係的基本前提及原則，台灣新領導人如果不接受，兩岸關係前景將很不樂觀。此外，余克禮還批評呂秀蓮在當選後依然發表“台獨”言論。
余克禮的言論立刻引來親綠媒體的反彈，呂秀蓮更是大表不滿，直指余克禮“到台灣做客，卻大放厥詞，未免太過放肆”。對於這趟原本單純的學術參訪活動被政治化、掀起口水風波，余克禮感到遺憾，他强調此行只是如實地向台灣各界介紹大陸的政策主張，絕對沒有如台灣某些媒體所指責的“言行蠻橫”等問題。
此外，這些台灣問題專家所發表的一些言論，往往被解讀為“中央對台政策新思路”。比如2000年，廈大台研院陳孔立教授的文章《和平統一的十大好處》在《人民日報》全文刊載，文章設身處地向台灣民衆講解為何大陸要堅持和平統一路綫，在兩岸引起强烈反響。有分析稱，這是大陸要主動引導台灣民衆思考和平手段的新做法。
重大事件預測“精准”
在重大事件發生時，這些涉台專家也往往能做出“精准”的預測。
2004年台灣地區領導人選舉前，多數民調顯示連戰遙遙領先，海內外多數學者也普遍預測“連宋配”將大獲全勝。但是陳孔立在接受《國際先驅導報》采訪時表示，陳水扁依然有微弱勝出的可能性。他解釋說，“連宋”勝算較大，但是仍然有無法估計到的因素存在，最後一刻仍有很多變數存在。
果然，陳水扁最終憑借“兩顆子彈”這一“突發因素”獲勝。島內有人認為，泛綠如果贏了，陳水扁會效仿尼克松，即當初最反共反華的，最後反過來積極改善關係。但陳孔立預測，陳水扁較大的可能是越來越“獨”。事實上，陳水扁在其第二任期內不斷推動“法理台獨”，也確實如陳孔立所言。
當然，這些專家也有預測“不准”的時候。今年6月11日，著名國際問題專家閻學通在媒體發表文章，就2000年來“一直預測台海發生軍事沖突不會晚於2008年”一事，公開向讀者道歉。閻學通的道歉事件引起了海內外的討論。有分析認為，若相關領域的學者在研究過程中尊重事實，無論預測結果是否准確，民衆自然也會體諒。
台灣：大陸政策跟黨走
談起台灣的中國大陸研究，必定要論及台灣政治大學的國關中心和東亞研究所。
在台灣尚未解嚴時，只有這兩個單位有資格研究中國大陸，當時稱“匪情研究”。實際上它們就是台灣“國家安全部門”的組成部分。當年，一個普通人偷看馬列的書，就可能依“刑法100條”被抓去坐牢，但國關中心和東亞研究所的人不僅能大大方方地看馬列的書，甚至還可以看《毛澤東語錄》、看《人民日報》。
無論是國關中心還是東亞研究所，都是島內研究大陸的重鎮。早年島內有關大陸的許多政策，都出自這兩個機構。同時也因為他們的特殊地位，這兩個單位的許多人也不斷進入台灣當局的重要部門。
大陸研究三分天下
進入20世紀80年代，隨著台灣地區解嚴、開放黨禁報禁、開放台灣人民赴大陸探親，兩岸關係進入一個新的階段。台灣的各大專院校與研究單位，紛紛設立“大陸研究所”，如淡江大學、中國文化大學、東華大學等。除此之外，許多大學內部原有的研究所，也紛紛設立大陸研究的相關課程，如東吳大學的政治系、淡江大學的國際事務與戰略研究所、台灣大學的“國家發展研究所”等。
一時之間，大陸研究成為台灣僅次於法律、國貿、電機的熱門專業，而其中又分“海歸派”“本土派”和“第三條路綫”。
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