1994年，我國開始進行稅制改革。國務院發布了《關於實行分稅制財政管理體制的決定》。就是在這個決定中，提出了將證券市場上的印花稅改造成證券交易稅獨立徵收的設想，並規定買賣雙方各徵3‰，最高可上浮1%。在該決定中同時將新設立的證券交易稅定性為中央地方共享稅，由中央和地方政府各分享50%。
但在其後，中央政府和立法機構鑒於當時條件不夠成熟，對和分稅制改革相配套的“工商稅制改革方案”做出“緩一步出台”的決定，“證券交易稅”因此至今沒有正式設立。而非常奇怪的是，（證券交易）印花稅卻從此依照《關於實行分稅制財政管理體制的決定》由地方稅改成了中央地方共享稅，並從此在官方文件中正式由“印花稅”改稱為“證券交易印花稅”。此後，我國證券交易印花稅稅率幾經變更，但這個套用印花稅之名、實質應該為證券交易稅的特殊稅目卻一直延續到今天。
由此可見，證券交易印花稅是1990年為抑制股票交易過熱而設立的，它實際上就是證券交易稅。
而我國卻從一開始把有價證券作為一種法定權益證書列入印花稅的徵稅對象，並長期用徵收印花稅來取代證券交易稅。因此就我國目前證券印花稅而言，其實質是就交易行為課稅，因此，在討論和研究證券交易印花稅的過程中應該將它歸為證券交易稅的範疇，並建議逐漸將它改革為證券交易稅。
證券交易稅的主要職能是調節市場交易，但是我國證券交易印花稅的作用漸漸異化，財政收入職能似乎體現得更為明顯，市場收益逐漸成為政府業績的財富效應。
在這其中最為典型的就是中央政府和地方政府就證券印花稅分成比例所進行的博弈安排以及它的發展演變過程。
關於中央政府和地方政府就證券印花稅分成比例的安排，因為深圳開始徵收證券交易印花稅時，我國稅法中有關印花稅的法規只有1988年國務院（而非立法機構）頒布的《中華人民共和國印花稅暫行條例》，而其中並無證券交易印花稅這一稅目。
而對於印花稅來說，根據1988年11月9日財政部《關於“印花稅”“城鎮土地使用稅”有關預算管理問題的補充規定的通知》所規定的，一開始印花稅是中央和地方分享稅，按對半分成。不過僅僅過了兩個月，在1988年12月31日財政部發布的《關於改變“印花稅”預算級次問題的通知》中重新規定，“ ‘印花稅’收入，全部劃歸地方財政，作為地方預算固定收入，此項收入上解地區中央財政不參與分成。”
由此可見，印花稅在1988年10月1日實施起到年底，短暫執行過中央和地方政府對半分成外，從1989年至今一直屬於地方稅種。
直到1992年，中國證監會成立之後，證券市場成交量大增、證券交易印花稅的稅額徵收前景大好，中央政府於是開始醞釀調整印花稅的分成比例。
1993年12月15日頒布、1994年1月1日實施的國務院《關於實行分稅制財政管理體制的決定》正式將“證券交易稅”定為中央與地方共享稅種，並明確“證券交易稅，中央與地方各分享50%”。儘管因為種種原因，證券交易稅的設置最終沒有實現，有關工商稅制的改革也一直延宕擱置，但（證券交易）印花稅卻從此開始按照《關於實行分稅制財政管理體制的決定》而從1994年起變更執行地方和中央各50%的分配比例，一直到1996年底。
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