檢體採取及檢驗過程欠嚴謹
陳水扁在奇美醫院的醫療廢棄物未監管，又未妥善保存，手術切取之組織也未送病理檢查。鑑識人員於事發後5天後才進行採證，專業不足。採證12天後才進行組織切片，顯有延宕。組織病理檢驗私相授受，檢體身分鑑定紀錄、實驗紀錄、組織蠟塊與病理切片下落不明。組織病理檢查報告缺乏檢驗內容與判斷依據資料等基本內容，顯失嚴謹。
陳水扁的內褲及西裝褲無彈孔血跡，不合常理
319奇美醫院記者會所公布的陳水扁傷口照片，是隨扈醫師簡雄飛所拍攝。當天侍衛長陳再福通知隨扈醫師陳水扁受傷，隨扈醫師簡雄飛、蕭自佑上車後，即發現陳水扁腹部有傷而決定送醫。當天在奇美醫院急診室治療時，現場有諸多奇美醫院醫護人員在場，因此傷口在抵達奇美醫院前應已存在，但其內褲及西裝褲均無彈痕及血跡，則啟人疑竇。陳水扁腹部傷口的上緣在肚臍下約3公分，傷口寬約2公分，傷口的下緣在肚臍下約5至6公分的位置。李昌鈺93年4月9日量測當時陳水扁西裝褲的穿法：肚臍距褲緣上方8公分；距皮帶上緣9公分；距皮帶下緣12.7公分；距內褲上緣14公分。
但陳水扁319當天縫合傷口前的照片顯示，內褲是穿在腰際間，非肚臍下14公分。西裝褲部分，本會模擬調查及比對陳水扁2008年元月16日在聖露西亞海岸所攝照片，陳水扁褲腰上緣是在襯衫第6顆鈕扣的位置，即肚臍附近。故陳水扁內褲及西裝褲無彈痕及血跡，不合常理。李昌鈺博士量測當天所穿的褲子，應是為避免壓到傷口的特別穿法或特製的褲子。
祥泰專案執行有違失且有偽造文書之嫌
319當天“總統府”侍衛室及“國安局”特勤中心相關人員於勤務實施前未通知地區祥泰醫院，亦未安排隨行救護車輛，事發後，陳再福未依祥泰專案執行， 匆忙詢問未受特勤訓練的司機及警衛之建議，送往奇美醫院，均有違失。“總統府”侍衛室2004年7月19日祥泰專案計畫，列奇美醫院為臺南地區首位區域醫院。惟奇美醫院答覆本會，319上午或前數日，亦未接獲勘查訊息，2004年度未收到“總統府”通知執行祥泰專案之公文，1999年至2004年，亦未接獲“總統府”祥泰專案計畫之相關公文。據此，“總統府”侍衛室及“國安局”特勤中心相關文書列319當天奇美醫院為祥泰醫院，恐與事實不合，而有偽造文書之嫌。
維安工作亂無章法，事後推諉卸責
2004年3月18日“國安局”第三處南部聯絡組接獲情資“有年約三、四十歲貌似黑道之支持‘綠營’男子，揚言基於‘陳呂配’選勢低迷，不排除在不傷及生命安危下，對李前‘總統’、陳水扁‘開二槍’並諉過藍營，以激發本省籍選民之臺灣人意識，協助扭轉頹勢。”319上午警政署副署長劉世林接獲電話“南部有黑道準備於‘總統’競選活動場合對空鳴槍”，但未獲重視。
雖無法律規定，“正副領導人”不能同車，但為當事人之安全及“國家”之安定，“正副領導人”不同車已形成慣例，“正副領導人”一再同車遊行，非常不妥。更嚴重的是，319當天未依規定使用特勤中心車輛，未實施安全檢查，更以未受過專業駕訓，亦不瞭解特勤工作的人，充任駕駛，形同兒戲。此外，遊行隊伍穿插其他人員，破壞車隊編組。又支使擔任護衛的隨扈及機車員警，離開崗位從事糾正廣播、傳話或傳遞東西等非維安之工作，擴大安全維護間隙。
陳再福得知陳呂2人受傷且發現彈孔，未立即通知機指所封鎖現場緝捕兇手。臺南市警察局經多次查證，亦未獲正確回報，致無法及時掌握狀況，迅速封鎖現場、緝捕兇手。事發後維安人員辯稱現場鞭炮聲大，煙霧迷漫，故未發現槍擊，致未封鎖現場緝兇。但當天所謂的槍擊熱區（金華路3段12-18號）並未施放鞭炮，無煙霧，亦無視線不良之情事（僅2-6號及20號有放鞭炮），槍擊熱區路段尚有員警戒護，竟敢公然槍擊，員警亦未發現，匪夷所思。
扣案彈頭是319當天下午5：40左右民眾在14號門口發現。刑事局專案報告說，案發後該地點由不同車輛覆蓋，所以沒有發現，但真調會比對所停靠之車輛及時間，發現14號彈殼拾獲地點事發後未一直被車輛所覆蓋。尤其是警方偵防車15：35至16：45間停放在16號前外側車道，到附近尋找物證，但只找到在2-6號及20號未清掃的零星炮屑，並未發現在14號的兩顆彈殼。
以槍擊事件唬弄人民操弄選舉
319當時，陳呂固為正副“總統”候選人，但更是臺灣的正副領導人，二人傷勢無礙，意識清楚，還可以指揮“國政”，卻不顧民心安定，直到晚間11時才對民衆報平安，故弄玄虛。319下午3：30邱義仁在“總統府”召開記者會，在此之前已向黃芳彥瞭解傷情並與正副“總統”通過電話，瞭解其身心狀況，子彈不在“總統”體內，器官未受損，傷口已縫合完畢，陳水扁還要他準備高層會議，但邱義仁卻否認和“總統”通過電話，稱子彈在“總統”身上，腹部器官有無受損超出其瞭解的範圍；對於呂副“總統”是否受槍傷，先說是，後說要再查，又說我相信是啦，曖昧不明。記者會之初即宣稱“‘國安’機制已啟動”、“‘國安’機制的會議”也正在三樓召開，擾亂人心，加重社會不安，藉機操弄選舉，以遂行其所謂的“割喉之戰”。
憑空杜撰“國安”機制
事發後，“國安局”、“國防部”、“憲兵司令部”、“內政部”、警政署、海巡署等掌理“國家安全”事務之機關均不知什麼是“國安機制”。“行政院”事後說，“國安”機制是“國安局”主管，但為“國安局”否認。又“國安局”召開相關會議理應由局長在“國安局”主持，“行政院院長”無權在“總統府”主持會議並作成裁示。邱義仁在臺灣高等法院稱：“‘國安’機制是個通稱，包括‘國家安全會議’、‘國家安全會議’的高層會議、‘國家安全會議’的幕僚會議、‘國家安全會議’的工作會議”，但為當時的“國安會”秘書長康寧祥同在高等法院否定國安機制是“國安會”4種會議之一。依“國安會”組織法，“國安”機制會議非“國安會”任何一種會議。邱義仁一方面說是依照“國安會”的內部規定，另一方面又說沒有特別規定，前後矛盾。319當天正副“總統”尚能主持“國政”，非不能視事，不論依“國安會”組織法或“憲法”均無由“行政院院長”在“總統府”召開會議之餘地。縱使為因應正副“總統”受傷之情勢，“行政院院長”無待“總統”授權，本於權責即可在“行政院”召集會議，提出應變措施，在“總統府”主持所謂的“國安機制應變會議”，違法違憲，又無必要。所謂啟動“國安”機制，在“總統”府召開“國安”機制會議，意在使民眾誤以為事態嚴重，藉機唬弄人民，操弄選舉，破壞憲政體制及民主法制，莫此為甚。
壟斷訊息延誤緝兇
319當天下午1時45分、46分，盧孝民、呂副“總統”，張春波、陳水扁先後發現吉普車上的擋風玻璃有彈孔，認知是發生槍擊。1：56，陳再福通知黃芳彥：“陳水扁腹部中槍，要去奇美醫院”，1：58電告特勤中心副指揮官邱忠男，邱轉告局長蔡朝明，均已知發生槍擊或至少有槍擊嫌疑，但未同步通知機指所主任張冬生，封鎖現場緝兇。臺南警方查詢，得到的答覆是“狀況不明”，未能及時封鎖現場緝兇。2時左右陳水扁抵達奇醫院下車時，告知隨扈“有人開槍”，向醫師主訴“可能是槍傷”，依然未通知檢警單位採取必要的行動。3時左右，臺南地檢署主任檢察官到奇美醫院急診室被擋駕。2時左右，“總統府”高層，包括邱義仁、康寧祥、馬永成亦知發生槍擊事件，請吳淑珍女士到“總統府”會商，並分別與扁、呂通過電話，但並未通知“行政院”轉知“法務部”及“最高法院檢察署”檢察長緝兇。2：30，在現場的“內政部部長”余政憲直接電告刑事局局長侯友宜“‘總統’疑被槍擊”，但未通知在地負責維安的臺南警察局長何春乾蒐證緝兇。臺南市警察局所獲資訊，仍是陳水扁腹部疑似遭鞭炮炸傷，直到3：35當地之第二分局刑事人員才到金華路現場蒐證，固有調閱沿線監視錄影帶，但仍以撿拾炮屑為對象，未及於子彈，也未發現彈殼。
壓低偵辦機關層級
“行政院院長”游錫堃當天下午3：55召開的“國安”機制應變會議裁示：“調查事件真相，儘速緝兇歸案，並由警政署負責，會同“國安”體系成立專案小組”。“國安局”局長蔡朝明5：10及5：35在臺南奇美醫院兩度召開會議，指示與會人員須將此事件提升到“國家安全”層次，所有情治單位全力配合。“行政院”當天下午7時召開之會議，名為“‘行政院’治安會議”，顯已將319槍擊事件定調為治安事件，裁示“請盧檢察總長召集檢、警、調、海巡等治安機關，全力緝兇。務必於最短的時間內破案。”臺南地檢署前檢察長劉惟宗於晚間8：20記者會宣佈，檢警調已經成立“0319專案小組”。呂秀蓮：319槍擊事件，不只是刑事事件，同時也是“國安”事件，這樣一個大案子，竟然只由臺南市警檢來辦，實在層級太低。但縱使貴為臺灣副領導人，也無法扭轉乾坤，原因何在，不得而知。
違法利誘唐守義不提報流氓，換取口供
319專案小組以不提報流氓為條件，違法利誘唐守義等人換取口供，依刑事訴訟法第98條及第156條第1項之規定，相關之筆錄已不得作為證據。臺南地檢署事後又越權公然行文警政署，要求審酌專案會議的決定，不予認定流氓，副本給當事人。事發後前檢察長劉惟宗及侯友宜又公然說謊否認，誠不足取。
利用權勢及陳李淑江的脆弱處境，要求錄影道歉
2005年3月7日專案小組公布319槍擊事件，陳義雄涉嫌重大，隔日播放陳李淑江向社會道歉的錄影帶，輿論嘩然。2006年3月12日陳李淑江在“立法院”“申冤記者會”表示：“在偵訊期間，侯友宜要我錄影表示道歉，起初我是拒絕的。但是侯友宜撂下重話‘有什麼事，後果自行負責’，我害怕了！因為想到孩子們都被戴上手銬，關進拘留所，…不知道他們的安危與未來，做為一個母親，在恐懼不安中，只求他們平安無事。就算他是無辜犠牲，為了孩子著想，就接受事實吧。…”專案小組顯然利用權勢及陳李淑江的脆弱處境，要求錄製道歉聲明，使其照本宣科，承認陳義雄向阿扁開槍是不對的事。其目的無非是要向社會證明偵辦結果正確。 |
