不過，也有日本媒體對馬英九當選後的日台關系表示“樂觀”。
日本《朝日新聞》3月24日就在題爲“馬當選後日台關系有望穩定”的文章中援引分析人士的話說，“反對黨候選人馬英九贏得‘總統’選舉不可能改變目前日本與這個島嶼的關系。”該文章報道稱，熟悉日台關系的消息人士表示，與現任的民進黨籍“總統” 陳水扁相比，馬英九將更加著力推動基于經濟的、務實的日台關系。文章還分析說，陳水扁把“外交”的重點放在聯合美國、日本對抗中國大陸上，但國民黨重視改善台灣與中國大陸的關系，重視恢複陳水扁時期惡化的與美國的關系。“所以，‘新政府’可能會在美國、中國大陸和日本之間保持平衡”。
此外，《日本時報》也援引馬英九“外交”幕僚的話說，在5月20日就職之前，馬英九有望訪問美國和日本。“馬英九訪問美日主要就是爲了重建台灣與美日的溝通渠道以及相互信任關系”。
學界：有的深感擔憂 有的視爲良機
據記者了解，對于馬英九的當選，日本《朝日新聞》、《讀賣新聞》以及《日本經濟新聞》等日本主流媒體在評論的部分都不約而同地引用了日本台灣問題專家若林正丈的分析。
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