日本官僚系統勢力過大一直為人詬病。鳩山曾明確表示，他若上台將結束官僚主導政治，創造一個可讓公眾與政治家扮演領導角色的新日本。民主黨在競選政綱中，表明要讓約100名國會議員參與政府運作。為了確定各部門的政治主導體制，民主黨將賦予閣僚有任命副大臣及政務官的人事權。
但鳩山的相關承諾並不容易兌現。自民黨執政半世紀，與官僚及大型企業組成了控制日本政經命脈的“鐵三角”，這一關係網將成為改革的巨大阻力。此外，若要實施新人事制度，國家行政組織法與國家公務員法，都有必要修改。
日本政治Q&A﹕官僚權力凌駕內閣
問﹕日本的官僚勢力為何如此強大？
答 ﹕和西方的官僚不同，在二次大戰前日本的官僚都是天皇的近身侍從。在日本於1945年戰敗後，由於佔領日本的美軍將日本戰時的政治首領連根拔起，一些精英官僚填補了他們的空缺。此後，在自民黨長期統治下，不少政府部門的官員和自民黨建立緊密關係，議員都紛紛向地方官員提供資金進行基建，以換取選民的選票。許多高級官僚退休後加入他們曾監管的企業或機構。
問﹕官僚如何控制政策？
答﹕日本內閣成員非常倚重官僚制定政策及草擬法案，以至各政府部門的官僚在制定政策時扮演關鍵角色，以至有觀察家認為官僚才是部門真正首長，內閣大臣反而成了橡皮圖章。批評者指出，這樣的結果導致政策及項目開支有時只是反映了單獨部門的政策優先次序，而非政治領袖所勾劃出的宏觀政策視野
問﹕民主黨計劃如何減低官僚的影響力？
答﹕讓最少100名議員擔政府部門主管；建立向首相負責的國家戰略局，成員來自公私營機構，專責勾劃政策願景及預算框架；禁止退休官員空降到半私營公共機構；為高級公務員引入表現評分系統 |
