從思想源頭上看，雙方在思維模式上還存在很大差距：台灣仍難以擺脫冷戰思維，停留在冷戰格局的地緣政治模式中，在政策上對大陸至今不能準確定位，視為“機遇與威脅並存”；有學者將其解讀為在經濟上是“機遇大於威脅”，而政治上則是“威脅大於機遇”。此外，繼續依賴美國的軍售與保護，將安全保障付諸外人，期望美國介入來制衡大陸，以“維持現狀”。而大陸方面雖然以融合性思維作為處理兩岸關係的基本思維模式，但出於對台獨的警惕，時時考慮防範台獨復辟的可能；加上互信不足，不免小心翼翼。由此，我們不難看到兩岸關係和平發展初級階段複雜性與艱巨性並存的特點所在了。
要和平、要發展、要繁榮，要安定是兩岸民眾的共同心聲，也是兩岸共同利益所在。大力促進兩岸經濟合作，打造兩岸和平發展的利益機制，實現兩岸經濟繁榮，無疑是十分必要的，也都有助於政治互信的建立。但增進兩岸政治互信，除了經濟利益的推動之外，最根本的是維護和強化雙方共同的政治基礎，如明確台灣主權歸屬，即關於“一個中國”的定義與內涵。這就是台灣學者張亞中所言，兩岸如何看待他們與中國的關係，有沒有台獨選項的可能。這個問題不解決，台灣的政治定位問題也就難以解決，兩岸要開展政治談判，簽訂和平協議自然會碰到阻礙。
兩岸關係和平發展初級階段的性質與特點告訴我們，發展兩岸關係，建構、深化政治互信是關鍵。正如趙春山所說，兩岸只要有互信，甚麼事情都可以談。如果沒有互信，明明是好話，對方也可能往不好的地方想。在目前階段，發展兩岸關係須循序漸進，先經後政，經政並行。但雙方均須為解決政治難題進行準備，創造條件，增進互信，共同努力。此次兩岸政軍學界的高層研討會就是這種努力的一個部分，我們希望這樣的研討會越多越好。因為經過反復的思想溝通，認清彼此的共同利益和核心利益所在，互諒互讓，以中華民族的福址為最大公約數，解放思想，在和解共存中找到最佳的政治解決方案，邁入和平發展的新階段！ |
