由於大陸強調“兩岸經濟合作的主體是產業合作”，同時將“產業搭橋”定位為“兩岸新型產業合作”，加上ECFA“經濟合作”（第六條）將加強推動“研究雙方產業合作佈局和重點領域，推動雙方重大項目合作，協調解決雙方產業合作中出現的問題”、以及“推動雙方中小企業合作，提升中小企業競爭力”，展望簽署ECFA後，勢必將持續推動產學研一起參與的產業合作，勢必將進一步帶來兩岸產業在研發、行銷和建立共同標準、創設品牌方面的合作。
（六）閩台合作的發展空間
雖然ECFA“經濟合作”中未參考中國東盟全面經濟合作框架協定“經濟合作”條文中，有關“各締約方同意將‘湄公河盆地的開發’列入五個優先加強合作的領域”的規定，以及後續推動“大湄公河次區域經濟合作機制”的作法，將台灣與海西區之合作納入為ECFA框架下的“次區域合作”。
然而，由於“十一五規劃”明確提出：“支持海峽西岸和其他台商投資相對集中地區的經濟發展”，2009年5月6日提出：《國務院關於支持福建省加快建設海峽西岸經濟區的若干意見》，支持海峽西岸經濟區作為兩岸人民交流合作“先行先試區域”，而福建省也強調推動加快海峽西岸經濟區建設，對台交流可“先行先試”。因此，未來福建省仍然可以按照“同等優先、適當放寬”原則，允許國家禁止之外、不涉及國家安全的各類台商投資項目，在海西經濟區落地；積極推動建立兩岸金融業監管合作機制，在此機制下，優先批准台資銀行、保險、證券等金融機構，在福建設立分支機構，或參股福建金融企業，支持設立兩岸合資的海峽投資基金，進一步擴大兩岸貨幣雙向兌換範圍，逐步建立兩岸貨幣清算機制。
同時，由於目前海西區已是台灣該產業的主要出口與投資據點，機電產品已成為海西對台出口的最主要商品；台灣出口關鍵電子零組件（含晶片等），加工裝配後，出口到海外市場或回銷台灣，形成兩岸產業分工；同時以冠捷電子、捷聯電子為龍頭，華映光電等顯示器產業鏈，總投資額超過10億美元，冠捷現為全球液晶顯示器最大供應商，而廈門已成為重要LCDTV產業聚落。未來“閩台產業合作”也可能成為ECFA“經濟合作”框架下，推動之重大項目合作，以協調解決閩台產業中出現的問題。
後ECFA時代的兩岸經貿新格局
對兩岸關係而言，ECFA的簽署可說是過去30年兩岸經濟關係發展的總結，ECFA為經貿關係提供制度化和正常化互動的基礎，將使兩岸經濟交流與合作進入新的發展階段。
除了ECFA“早期收穫”（earlyharvest）清單將帶動兩岸貨品和服務業在“優惠貿易待遇”之下，進一步自由化之外，ECFA簽署後，兩岸貨物貿易、服務貿易、投資保障、爭端解決等單項協議的商談將在框架協議生效後6個月內開始，並盡速完成，顯示兩岸貿易投資自由化，未來將和兩岸經貿制度化和正常化“同步發展”。
同時，在ECFA架構之下，兩岸將以知識產權保護與合作、金融合作、貿易促進及貿易便利化、海關合作、電子商務合作、研究雙方產業合作佈局和重點領域、推動雙方重大項目合作、推動雙方中小企業合作等為“經濟合作”重點，並逐步向其他領域拓展，顯示未來兩岸經濟與產業合作，也將“深化發展”。
對兩岸經貿關係而言，ECFA將帶來下列影響：
一、兩岸在ECFA架構下之“正常會員間關係”
基本上，ECFA序言強調“本著世界貿易組織(WTO)基本原則”，顯示因為兩岸都是WTO的成員，所以應該遵循有關區域貿易協定條文的規定，以建構兩岸間之“優惠性經貿關係”。
特別是第5次江陳會簽署“兩岸智慧財產權保護協議”，並將“智慧財產權保護”列為ECFA“經濟合作”項目，尤其彰顯兩岸相互提供給予WTO成員的待遇。
因為，過去由於中國大陸認為巴黎公約是規範“國與國”之關係，而其與我國並非“國與國”關係，故其並未依WTO“與貿易有關之智慧財產權保護協定”（TRIPS）第2條第1項規定，所有WTO會員均應依巴黎公約第4條規定承認優先權的規定，承認台灣人民申請案之“專利商標優先權”。台灣對大陸人民申請案或以大陸申請案主張優先權者，則以“暫緩受理”予以擱置，雙方作法均不符合WTO/TRIPS規範。如今，智慧財產權保護協議納入專利商標“優先權”，顯示兩岸在ECFA架構下之“正常會員間關係”。
二、後ECFA時代兩岸經貿協商正常化
就兩岸在ＥＣＦＡ架構下的互動型態而言，過去兩岸兩岸協商是以海基會在陸委會為主，前四次江陳會雖然已經達成十二項協議，但是這些議題之選定缺乏總體架構與系統性，加上須透過兩岸兩會安排協商，不僅在時程上不具可預測性，也無法使兩岸的財經主管機關依據其專業考量進行協商，將無法因應ECFA架構下之兩岸經貿關係日趨正常化下，可能衍生之多樣且繁瑣的經貿問題或爭議。
對此，ECFA“機構安排”條款規定，由雙方指定的代表組成“兩岸經濟合作委員會”，委員會每半年召開一次“例會”，必要時經雙方同意可召開臨時會議。委員會可根據需要設立“工作小組”，顯示兩岸將針對貨品貿易、服務貿易、投資保障、智慧財產權保護、金融合作、貿易便捷化及產業合作等經濟合作領域，分別設立工作小組，由兩岸主管經貿事務的政府部門與官員，直接進行協商，除有助於全面處理兩岸經貿正常化所面對之各類繁瑣、多樣的經貿問題外，也可以讓兩岸經貿部門與官員得以如同與其他WTO成員之互動一般，使兩岸“官方經貿協商機制”進一步正常化。
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