1534年，明朝第十一次册封使陳侃與前來迎接的琉球人一起乘船赴琉球，並在《使琉球錄》中明確記載：“過平嘉山，過釣魚嶼，過黃毛嶼，過赤嶼，目不暇接。……見古米山，乃屬琉球者，夷人鼓舞於舟，喜達於家。”（陳侃：《使琉球錄》，明嘉靖十三年（1534年），北京，中國國家圖書館分館善本館藏書，第25頁）“古米山”又稱“姑米山”、“古米島”，即現在沖繩的久米島；“夷人”指當時船上的琉球人。這表明，當時的琉球人認為過了釣魚島列島，到達古米島（久米島）後才算回到自己的國家，而釣魚嶼、黃毛嶼（黃尾嶼）、赤嶼（赤尾嶼）等則不屬於琉球。
1561年，册封使郭汝霖所著《重編使琉球錄》中有以下記載：“閏五月初一日，過釣魚嶼。初三日，至赤嶼焉。赤嶼者，界琉球地方山也。再一日之風，即可望姑米山（久米島）矣。”（郭汝霖：《重編使琉球錄》，明嘉靖四十年（1561年），台灣銀行經濟研究室編印《使琉球錄三種》，台北，1970年12月出版，第73—76頁）這段話更清楚地證實，當時中國已將釣魚島及其附屬島嶼中最靠近琉球的赤尾嶼作為與琉球分界的標誌。
1556年，鄭舜功奉命赴日考察半年後撰寫了《日本一鑒》一書。該書“萬里長歌”篇中明確記載了釣魚島屬於台灣：“取小東島之雞籠山，……約至十更，取釣魚嶼。……自梅花渡澎湖，之小東，至琉球，到日本，……釣魚嶼小東小嶼也。”（轉引自鄭海麟：《釣魚台列嶼之歷史與法理研究》，明報出版社有限公司，香港，1997年版，第60頁）所謂“小東”，即當時對台灣的一種稱呼。這說明，中國當時已認定釣魚島等島嶼是台灣的附屬島嶼。
清朝時期，中國與琉球的界線在釣魚島附屬島嶼赤尾嶼南面海槽一帶，已成為中國航海家的基本常識。清朝第二次册封使汪楫1683年赴琉球，翌年寫下《使琉球雜錄》。該書記載了他途經釣魚島、赤尾嶼後為避海難而祭祀時，船上人告訴他船所經過的海槽（當時稱“過郊”或“過溝”）即“中外之界也”（汪楫：《使琉球雜錄》，康熙二十三年（1684年），北京，中國國家圖書館分館善本館藏書）。
當時對日本及琉球影響最大的，堪稱是清康熙册封副使徐葆光（1719年赴琉）所著《中山傳信錄》。該書引述琉球權威學者程順則《指南廣義》一書中的論述指出，赴琉球的海上航路是：由閩安鎮出五虎門，取雞籠頭，經花瓶嶼、彭家山、釣魚台、黃尾嶼、赤尾嶼，取姑米山（琉球西南方界上鎮山）、馬齒島，入琉球那霸港（徐葆光：《中山傳信錄》，康熙五十八年（1719），北京，中國國家圖書館分館善本館藏書，《國家圖書館藏琉球資料匯編》中册36頁。該書中三次提到釣魚台，兩次提到釣魚嶼）。中國古代的“鎮山”原指主山。所謂“界上鎮山”，可理解為琉球那霸西南海上邊界的主島。這是將姑米山作為中琉之間分界標誌的又一可靠佐證。
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