1999年打響的第二次車臣戰爭與第一次相比,俄軍無論在政治上還是軍事上都占據了顯著優勢。從政治上看，第二次車臣戰爭已經演變為“反恐戰爭”，俄軍在道義上占據制高點；在軍事上，時任總理普京初顯“鐵腕”風格，從戰爭準備、調兵遣將到指揮作戰都顯示出高超的政治才能，俄軍很快以較小的代價取得軍事上的決定性勝利。第二次車臣戰爭雖然以俄軍勝利告終，但仍沒有從根本上解決該地區固有的深層矛盾。雖然車臣非法武裝被消滅，發生大規模軍事對抗的條件不複存在，但是包括車臣在內的北高加索地區的安全形勢變得更加複雜。事實上，直到2009年4月，俄羅斯政府才正式宣布在車臣的反恐行動告一段落。反恐行動的結束並不意味著恐怖活動已經被根除，莫斯科多莫傑多沃機場的恐怖襲擊只是近年來俄羅斯眾多恐怖主義活動中的一個個案。
新政依然難解困局在葉利欽執政時期，俄羅斯國內政治動蕩、經濟凋敝，外交上也面臨西方的步步進逼，俄政府沒有精力、也缺乏手段對北高加索地區行使有效治理。
從一開始對民族共和國獨立情緒的放縱到採取武力鎮壓的方式彰顯出政府對北高加索地區政策的缺乏。普京總統執政的八年，俄羅斯呈現出政治有序發展、經濟快速增長、俄羅斯國際地位顯著提高的局面。在第二次車臣戰爭中的作為使普京贏得了俄羅斯民眾的尊重和信任，成為他走上政治核心舞台的重要資本。應該說，普京領導的第二次車臣戰爭是對葉利欽第一次車臣戰爭遺留後果的矯正，既屬必然，也屬不得已而為之。儘管戰爭結束後普京政府依然保持對北高加索地區恐怖主義活動的高壓態勢，但是從普京對該地區的治理方略看，已經完全不同於其前任。普京在政治上主要採取了重建當地政治秩序和法律空間的步驟，恢復聯邦中央對地方政府的權威，如在車臣、印古什、達吉斯坦等地通過全民公決出台各項法律法規，確定地方對聯邦中央的絕對從屬關係，幫扶親中央政府的本地政治家擔任總統和其他重要職務等。
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