而兩岸和平協議與公投，其實並無必然的關係，其一兩岸和平協議是和平協議，並非和平條約，兩岸和平協議有著兩岸特色的時代背景；其二兩岸和平協議並不涉及到領土與主權的重新安排，兩岸和平協議涉及 雙方當局在理性考量及評估後認為有必要開啟和平之途，並不必然等同實行公投；其三兩岸問題由於具有高度敏感性及爭議性，故不適宜採用公投方式為之，無論是統一或獨立，公投皆不是解決問題的最好方法。
兩岸和平協議的重點，應該擺放在如何終止敵對狀態，形成兩岸更為穩定及優勢互補的交流關係，不應該涉及到統獨意識形態的價值，否則將會產生嚴重的扭曲，畢竟統獨問題難解，但無論統一或獨立，渴望和平與求發展的心都是一樣的。
台灣內部對於兩岸和平協議的看法迥然不同，更何況要達成兩岸間的和平協議，那更是難上加難，兩岸和平協議最怕就是變成非但沒有達成和平的目的，反而製造衝突的動因，加速兩岸關係的惡化及台灣內部的對立及政治紛歧。
張亞中教授提到一個很值得深思的觀點，倘若台灣人民以公投方式通過了一個北京無法接受的和平協議版本，那麼還會有和平協議嗎？這的確是一個值得深思的問題，如果簽署後的兩岸和平協議，必須經過台灣人民公投，那麼大陸人民可否也要求和平協議的公投？那麼公投究竟是解決問題，還是將兩岸矛盾突顯出來？
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