禁止利潤分配及關聯交易
業內人士認為，非營利組織從事營利性活動的收入是否應全部免稅，存在公共政策上的矛盾：一方面，立法允許非營利組織從事經營性活動是出於促進非營利組織發展的考量，一定程度上滿足了非營利組織自身持續發展的需要；另一方面，如果允許非營利組織從事任何營利性活動並享受免稅待遇，會導致對營利部門的不公平競爭，甚至導致非營利組織被用來作為避稅通道。
我國現行法律法規沒有禁止非營利組織從事營利性活動，但是對於公益慈善組織商業活動有六方面原則——避免偏離宗旨、禁止利潤分配、防止公共利益私有化、風險防控、稅收優惠差異化以及信息公開。
2009年，國家稅務總局、財政部發布了《關於非營利組織企業所得稅免稅收入問題的通知》和《關於非營利組織免稅資格認定管理有關問題的通知》，但是對於符合條件的非營利組織的營利收入中能夠獲得免稅的部分遲遲未出台細則。
據劉忠祥介紹，發達國家的一般做法是，如果非營利組織全年收入裡面有超過30%或50%來自營利活動，那麼超過部分將不享受稅收優惠。
“為了維護正常的市場秩序，可以借鑒美國的做法，利用稅收進行調整，將公益慈善組織從事商業活動分為相關商業活動與不相關商業活動。與組織宗旨緊密相關的，所得稅應該予以免稅；與組織宗旨不相關的，必須依法納稅。”劉忠祥說。
此外，根據前述民政部起草的徵稅方案，非營利組織從事商業活動所得，將遵循禁止利潤分配的原則，其商業收益不得分配，只能繼續用於慈善事業，防止公共利益私有化。
同時，鑒於國內尚未建立監管慈善組織關聯交易的基本規則，如果無法避免基金會理事自身利益與慈善組織利益相衝突，上述方案要求慈善組織披露可能存在關聯交易的信息，與關聯交易相關的理事不得參與決策，同時交易價格是否公平要進行評估。
對於徵稅後的影響，中國青少年發展基金會一位負責人告訴記者，由於目前國內基金會商業活動運作規模並不大，短期內不會有太大影響。
據民政部統計，2010年，國內基金會獲得政府補助收入占總收入10%，來自社會捐贈收入占90%，並沒有基金會經營性收入項目。
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